More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1652 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 406 aa  835    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  51.49 
 
 		 406 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  37.91 
 
 		 408 aa  297  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  38.85 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  37.09 
 
 		 408 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  36.57 
 
 		 413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  36.75 
 
 		 407 aa  278  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  35.43 
 
 		 407 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  39.05 
 
 		 400 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  37.34 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  37.93 
 
 		 405 aa  268  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  35.89 
 
 		 406 aa  262  6.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  36.29 
 
 		 402 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  35.91 
 
 		 409 aa  249  8e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  33.09 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  33.84 
 
 		 411 aa  246  4.9999999999999997e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  37.22 
 
 		 405 aa  243  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 		 415 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  33.5 
 
 		 419 aa  219  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  32.5 
 
 		 413 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  32.7 
 
 		 397 aa  209  8e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  33.77 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  32.98 
 
 		 400 aa  207  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  31.23 
 
 		 403 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  30.85 
 
 		 431 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  30.27 
 
 		 411 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 		 411 aa  200  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.92 
 
 		 428 aa  200  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  31.1 
 
 		 416 aa  199  7e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  33.68 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  30.56 
 
 		 422 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  27.79 
 
 		 412 aa  193  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  29.68 
 
 		 411 aa  193  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  32.8 
 
 		 400 aa  189  8e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  30.54 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 412 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 423 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  30.98 
 
 		 413 aa  186  6e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  31.93 
 
 		 417 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  30.64 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  31.99 
 
 		 424 aa  179  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 		 406 aa  178  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 		 487 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  32.18 
 
 		 408 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  30.11 
 
 		 411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  28.79 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  29.68 
 
 		 403 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 		 413 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  30.29 
 
 		 447 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  31.02 
 
 		 448 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  29.89 
 
 		 404 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  30.56 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  30.28 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  27.7 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  27.34 
 
 		 464 aa  160  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  28.04 
 
 		 431 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  28.39 
 
 		 400 aa  158  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  28.04 
 
 		 431 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  28.47 
 
 		 419 aa  157  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  26.93 
 
 		 429 aa  157  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  29.18 
 
 		 412 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  27.65 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 		 423 aa  154  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 		 423 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  28.08 
 
 		 449 aa  149  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  26.35 
 
 		 448 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  24.87 
 
 		 419 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  26.14 
 
 		 450 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  26.16 
 
 		 428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  23 
 
 		 397 aa  126  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  26.29 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  28.03 
 
 		 402 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  24.15 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 		 444 aa  116  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  25.54 
 
 		 407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  23.08 
 
 		 458 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  24.72 
 
 		 480 aa  106  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  28.3 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  28.3 
 
 		 379 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  25.43 
 
 		 439 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  23.44 
 
 		 403 aa  94  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  25.4 
 
 		 444 aa  88.2  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  25.47 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  28.4 
 
 		 438 aa  84.7  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  27.14 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  23.53 
 
 		 463 aa  78.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  25.14 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  24.86 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  26.32 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  22.28 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  24.3 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  22.7 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  22.7 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0622  putative signal transduction protein  23.96 
 
 		 430 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2227  diguanylate phosphodiesterase  25.62 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.118815  hitchhiker  0.00585618 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001429  GGDEF family protein  33.86 
 
 		 606 aa  59.7  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000304486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0013  putative signal transduction protein  31.39 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  22.73 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>