More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0339 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  100 
 
 		 409 aa  843    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  37.12 
 
 		 407 aa  295  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  38.92 
 
 		 406 aa  295  8e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  41.18 
 
 		 408 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  36.36 
 
 		 407 aa  286  5e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  40 
 
 		 400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  39.04 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  39.01 
 
 		 406 aa  279  6e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  40.33 
 
 		 404 aa  276  4e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  35.47 
 
 		 413 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  38.22 
 
 		 402 aa  268  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  38.4 
 
 		 405 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  35.06 
 
 		 408 aa  263  6e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  34.64 
 
 		 408 aa  258  9e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  35.91 
 
 		 406 aa  249  8e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  37.13 
 
 		 405 aa  246  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  34.64 
 
 		 403 aa  239  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  37.8 
 
 		 400 aa  234  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 		 397 aa  230  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 415 aa  224  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  32.84 
 
 		 423 aa  223  6e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 		 416 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  32.49 
 
 		 413 aa  212  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  34.11 
 
 		 400 aa  210  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  31.08 
 
 		 411 aa  210  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  30.47 
 
 		 411 aa  210  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 		 423 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  32.4 
 
 		 405 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 		 411 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  29.47 
 
 		 431 aa  203  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  35.23 
 
 		 402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  33.68 
 
 		 413 aa  200  3e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  33.24 
 
 		 408 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  34.34 
 
 		 410 aa  196  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  31.44 
 
 		 419 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  30.2 
 
 		 411 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  32.43 
 
 		 417 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 		 424 aa  187  4e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 		 411 aa  186  9e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  31.52 
 
 		 406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  33.52 
 
 		 448 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  31.44 
 
 		 411 aa  184  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  30.69 
 
 		 403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  29.92 
 
 		 404 aa  182  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 		 487 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  34.31 
 
 		 447 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  33.24 
 
 		 411 aa  176  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 		 445 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 		 400 aa  164  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  27.65 
 
 		 422 aa  163  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 413 aa  162  9e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  31.64 
 
 		 444 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 411 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  30.65 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  29.63 
 
 		 412 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  30.71 
 
 		 410 aa  155  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  30.21 
 
 		 429 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  30.33 
 
 		 431 aa  149  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  30.52 
 
 		 419 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  30.08 
 
 		 431 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  28.8 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  30.85 
 
 		 449 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  29.62 
 
 		 423 aa  141  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  29.62 
 
 		 423 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  23.86 
 
 		 397 aa  139  8.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  27.99 
 
 		 428 aa  139  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  27.16 
 
 		 460 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  27.21 
 
 		 458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  27.84 
 
 		 379 aa  122  9e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  25.77 
 
 		 450 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  27.84 
 
 		 379 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  27.25 
 
 		 480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  26.85 
 
 		 407 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  25.36 
 
 		 403 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  25.98 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  23.63 
 
 		 444 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  28.57 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  24.61 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  24.85 
 
 		 414 aa  99.4  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  26.74 
 
 		 439 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  29.02 
 
 		 378 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  24.78 
 
 		 406 aa  90.1  7e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  26.67 
 
 		 394 aa  88.2  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  35.21 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  24.59 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  22.22 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  21.99 
 
 		 418 aa  68.9  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  28.79 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  25.68 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  28.19 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  28.19 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0558  putative signal transduction protein  28.21 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  23.56 
 
 		 409 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 		 424 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.21 
 
 		 732 aa  54.3  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>