More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0860 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 397 aa  815    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  33.66 
 
 		 416 aa  246  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 		 413 aa  236  4e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  32.01 
 
 		 402 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  31.36 
 
 		 403 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  35.23 
 
 		 406 aa  216  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 		 397 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.01 
 
 		 428 aa  209  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  31.96 
 
 		 404 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  30.87 
 
 		 407 aa  206  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 		 411 aa  206  8e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 		 413 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  31.44 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  31.05 
 
 		 407 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  30.87 
 
 		 415 aa  204  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  30.38 
 
 		 405 aa  202  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  30.98 
 
 		 408 aa  202  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 400 aa  202  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 		 419 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 		 408 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 423 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  32.24 
 
 		 404 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  29.82 
 
 		 408 aa  190  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  30.87 
 
 		 411 aa  189  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  28.71 
 
 		 404 aa  189  9e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  31.75 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  30.73 
 
 		 422 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  30.77 
 
 		 409 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  33.6 
 
 		 412 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  29.74 
 
 		 411 aa  187  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 		 410 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  28.69 
 
 		 400 aa  175  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  28.17 
 
 		 406 aa  175  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 		 411 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 412 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  29.74 
 
 		 417 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  27.72 
 
 		 411 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 		 424 aa  166  5e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 		 413 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  27.73 
 
 		 411 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 411 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  27.17 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  27.7 
 
 		 406 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  27.49 
 
 		 403 aa  159  8e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  29.52 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  28.54 
 
 		 487 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  28.05 
 
 		 410 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  27.99 
 
 		 400 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  28.46 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  28.64 
 
 		 419 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  25.06 
 
 		 408 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  26.48 
 
 		 431 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  29.06 
 
 		 464 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  28.72 
 
 		 444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  26.63 
 
 		 445 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 		 429 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  26.34 
 
 		 449 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  27.99 
 
 		 448 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  26.88 
 
 		 423 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  27.44 
 
 		 414 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  25.76 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  25.4 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  25.19 
 
 		 431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  25.19 
 
 		 431 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  25.63 
 
 		 412 aa  133  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  25.07 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  25.87 
 
 		 419 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 407 aa  119  9e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  24.5 
 
 		 458 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  25.98 
 
 		 402 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  24.16 
 
 		 414 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  23.88 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  21.9 
 
 		 463 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  25.56 
 
 		 450 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  23.24 
 
 		 397 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  23.58 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  21.7 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  22.37 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  22.37 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  26.56 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  20.89 
 
 		 480 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  21.3 
 
 		 444 aa  63.9  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  23.79 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.25 
 
 		 642 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.21 
 
 		 592 aa  60.5  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  24.1 
 
 		 403 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5899  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 		 918 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  22.12 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2600  EAL domain-containing protein  27.96 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.998964  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 		 1036 aa  58.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 		 723 aa  57.4  0.0000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.72 
 
 		 682 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  21.43 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.54 
 
 		 1021 aa  56.6  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 765 aa  56.6  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>