More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1813 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  78.57 
 
 
322 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.67 
 
 
323 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59 
 
 
326 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
316 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.67 
 
 
307 aa  338  7e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
303 aa  333  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.33 
 
 
315 aa  331  8e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.37 
 
 
319 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  50.51 
 
 
318 aa  324  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  50.51 
 
 
318 aa  323  4e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
303 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
312 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
313 aa  319  3e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.67 
 
 
303 aa  319  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.67 
 
 
303 aa  319  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  56.38 
 
 
312 aa  319  5e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.53 
 
 
322 aa  318  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  50.17 
 
 
314 aa  318  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
306 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
308 aa  308  9e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  51.17 
 
 
306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  50.84 
 
 
312 aa  300  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  49.16 
 
 
313 aa  290  1e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
305 aa  290  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  56.92 
 
 
308 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
310 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.92 
 
 
312 aa  275  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
312 aa  273  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
304 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  49.62 
 
 
304 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.59 
 
 
302 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.22 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.13 
 
 
306 aa  232  8.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
309 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.36 
 
 
309 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
299 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
309 aa  226  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.73 
 
 
334 aa  225  8e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
302 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.06 
 
 
316 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  45.45 
 
 
311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.65 
 
 
306 aa  219  7e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
312 aa  218  7.999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
291 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
302 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  45.72 
 
 
306 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.21 
 
 
299 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.21 
 
 
299 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.21 
 
 
299 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.21 
 
 
299 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.21 
 
 
299 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.11 
 
 
301 aa  205  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.03 
 
 
306 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
295 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.96 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.3 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  37.15 
 
 
288 aa  196  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
284 aa  196  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
298 aa  195  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
299 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
310 aa  195  9e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  40.48 
 
 
302 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.41 
 
 
284 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
300 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.71 
 
 
650 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
299 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
310 aa  192  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.37 
 
 
282 aa  192  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.73 
 
 
325 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
299 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
280 aa  190  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
304 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
308 aa  190  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.21 
 
 
285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
322 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
300 aa  189  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
303 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
296 aa  189  7e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
296 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
285 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.12 
 
 
308 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
495 aa  185  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
496 aa  185  8e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
300 aa  185  9e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.23 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>