More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1883 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  100 
 
 
311 aa  604  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.07 
 
 
309 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.07 
 
 
309 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.84 
 
 
334 aa  457  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  71.72 
 
 
306 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  71.03 
 
 
306 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.33 
 
 
304 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.59 
 
 
302 aa  349  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  62.66 
 
 
304 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
302 aa  342  5e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.17 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.86 
 
 
306 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.59 
 
 
309 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.12 
 
 
306 aa  316  4e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
302 aa  315  8e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.34 
 
 
316 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
303 aa  308  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.2 
 
 
299 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.45 
 
 
305 aa  289  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
306 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
306 aa  264  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
307 aa  261  6.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  42.9 
 
 
318 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
308 aa  258  8e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.12 
 
 
291 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  45.31 
 
 
312 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  43.89 
 
 
318 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.74 
 
 
305 aa  255  6e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  41.72 
 
 
314 aa  255  8e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.9 
 
 
315 aa  252  6e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
312 aa  252  6e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  44.67 
 
 
306 aa  251  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
326 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
295 aa  250  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  49.22 
 
 
312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.74 
 
 
312 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.42 
 
 
310 aa  241  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
312 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
316 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.24 
 
 
303 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  43.65 
 
 
313 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 
303 aa  235  7e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 
303 aa  235  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.69 
 
 
303 aa  235  8e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
322 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.28 
 
 
319 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  44.48 
 
 
322 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
324 aa  226  6e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
319 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
312 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.42 
 
 
313 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
310 aa  212  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  40.99 
 
 
300 aa  209  5e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  42.25 
 
 
308 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.12 
 
 
301 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
295 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.27 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.27 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.27 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.27 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.27 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
280 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.03 
 
 
290 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
293 aa  195  7e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.77 
 
 
284 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
299 aa  195  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
300 aa  194  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.67 
 
 
302 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
299 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
298 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 
300 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.49 
 
 
304 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
299 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
300 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
298 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.05 
 
 
300 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
299 aa  192  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
305 aa  192  5e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
297 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
297 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
304 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
308 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.86 
 
 
285 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
310 aa  191  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39.64 
 
 
298 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.31 
 
 
282 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.64 
 
 
298 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  35.43 
 
 
867 aa  191  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.64 
 
 
298 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.64 
 
 
298 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>