More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0882 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
322 aa  630  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.57 
 
 
313 aa  485  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.94 
 
 
324 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.61 
 
 
319 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  68.08 
 
 
308 aa  361  9e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.82 
 
 
312 aa  353  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.67 
 
 
307 aa  345  7e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  55.76 
 
 
322 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.43 
 
 
326 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.86 
 
 
315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.08 
 
 
303 aa  326  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.53 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.75 
 
 
323 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  59.12 
 
 
312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57 
 
 
303 aa  309  4e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57 
 
 
303 aa  309  4e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.38 
 
 
316 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  48.23 
 
 
314 aa  302  5.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.74 
 
 
303 aa  298  8e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
306 aa  296  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
306 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  47.74 
 
 
318 aa  295  8e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.04 
 
 
312 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  50.82 
 
 
312 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  48.14 
 
 
318 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.17 
 
 
308 aa  288  8e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 
306 aa  285  7e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.99 
 
 
310 aa  280  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.51 
 
 
305 aa  275  7e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  49.18 
 
 
313 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
312 aa  268  5.9999999999999995e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
302 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
309 aa  258  8e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
304 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
309 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 
334 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
299 aa  238  8e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.59 
 
 
304 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
312 aa  229  6e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
306 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  45.83 
 
 
311 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.13 
 
 
299 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.13 
 
 
299 aa  227  3e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.13 
 
 
299 aa  226  3e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.13 
 
 
299 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.13 
 
 
299 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
303 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
302 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
306 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  45.28 
 
 
304 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  42.54 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.02 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
296 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
309 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
310 aa  212  7e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
280 aa  209  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.32 
 
 
300 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.34 
 
 
301 aa  208  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
298 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
294 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.73 
 
 
284 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
285 aa  206  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
299 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
303 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
299 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
285 aa  202  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
284 aa  202  6e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
280 aa  202  8e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 
282 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
291 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
287 aa  199  6e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.25 
 
 
288 aa  199  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.67 
 
 
316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  37.46 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.38 
 
 
650 aa  196  4.0000000000000005e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
274 aa  195  7e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
304 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
299 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.77 
 
 
288 aa  193  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  38.87 
 
 
299 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
302 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
301 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.91 
 
 
321 aa  192  6e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
305 aa  192  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.38 
 
 
325 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
309 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
298 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
300 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
301 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
297 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.8 
 
 
331 aa  189  7e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  36.61 
 
 
341 aa  188  8e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>