More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1092 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
303 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.47 
 
 
326 aa  535  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.13 
 
 
315 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.49 
 
 
303 aa  509  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.82 
 
 
303 aa  490  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.82 
 
 
303 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  78.79 
 
 
312 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  58.72 
 
 
322 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.67 
 
 
323 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.76 
 
 
307 aa  338  8e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
319 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.19 
 
 
324 aa  324  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  50.84 
 
 
314 aa  324  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.69 
 
 
316 aa  322  7e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  48.82 
 
 
318 aa  314  9e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.74 
 
 
322 aa  314  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  48.15 
 
 
318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.49 
 
 
306 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
306 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.9 
 
 
313 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.88 
 
 
312 aa  305  8.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  50.51 
 
 
312 aa  300  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  50.34 
 
 
306 aa  299  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  49.49 
 
 
313 aa  296  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.21 
 
 
305 aa  293  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  54.86 
 
 
308 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.84 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
312 aa  285  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
310 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  51.53 
 
 
304 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
304 aa  262  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.69 
 
 
304 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
334 aa  258  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
306 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
302 aa  256  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
309 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
309 aa  252  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
299 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.61 
 
 
302 aa  250  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
309 aa  249  4e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  47.24 
 
 
311 aa  247  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
302 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  48.28 
 
 
306 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.14 
 
 
306 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.97 
 
 
303 aa  238  9e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.84 
 
 
316 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.13 
 
 
301 aa  231  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
312 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
305 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.69 
 
 
300 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
300 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.97 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.56 
 
 
325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.66 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
291 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.87 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.87 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
296 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
280 aa  212  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
310 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.81 
 
 
650 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
280 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.65 
 
 
279 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.22 
 
 
284 aa  210  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
280 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
287 aa  210  3e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
302 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.48 
 
 
308 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
300 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
305 aa  207  2e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.16 
 
 
288 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
319 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
298 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
302 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
496 aa  206  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
285 aa  206  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
300 aa  205  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
495 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
308 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
497 aa  204  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.98 
 
 
479 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
342 aa  204  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
343 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
485 aa  203  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
322 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
344 aa  203  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
494 aa  203  3e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.61 
 
 
288 aa  202  5e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
284 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.71 
 
 
282 aa  202  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 
302 aa  202  6e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
295 aa  201  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>