More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2358 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
325 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.21 
 
 
304 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  67.13 
 
 
304 aa  388  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  65.66 
 
 
300 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  67.38 
 
 
300 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.38 
 
 
300 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.82 
 
 
302 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.35 
 
 
303 aa  374  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.07 
 
 
296 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.3 
 
 
302 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.21 
 
 
308 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.73 
 
 
302 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.91 
 
 
300 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  67.86 
 
 
303 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
308 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
300 aa  363  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  64.91 
 
 
303 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.56 
 
 
303 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.47 
 
 
296 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.02 
 
 
303 aa  354  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.56 
 
 
308 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  60.47 
 
 
302 aa  352  5.9999999999999994e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  64.91 
 
 
303 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  63.07 
 
 
300 aa  351  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  62.37 
 
 
300 aa  351  1e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  64.56 
 
 
303 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.51 
 
 
308 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.51 
 
 
308 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.18 
 
 
303 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  61.89 
 
 
299 aa  342  4e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  62.5 
 
 
305 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.14 
 
 
305 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  59.46 
 
 
293 aa  338  7e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.41 
 
 
305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
305 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0140  dipeptide transporter  63.76 
 
 
300 aa  332  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  56.36 
 
 
301 aa  329  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  61.89 
 
 
300 aa  326  4.0000000000000003e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.7 
 
 
305 aa  322  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4073  dipeptide transporter  63.41 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0051  dipeptide transporter  62.72 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.644242  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4058  dipeptide transporter  63.41 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0090  dipeptide transporter  63.41 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.448882  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
305 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0222  dipeptide transport system permease protein  59.54 
 
 
305 aa  318  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03393  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3861  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3741  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0173  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03344  hypothetical protein  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4034  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4910  dipeptide transporter  63.29 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0439  dipeptide transport system permease protein  61.35 
 
 
305 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.760641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0258  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  59.6 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0245  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  59.6 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  60.64 
 
 
305 aa  311  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.472877  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3989  dipeptide transporter  61.89 
 
 
298 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12500  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  59.18 
 
 
299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0323482  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 
296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.89 
 
 
287 aa  276  5e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
304 aa  275  6e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  48.98 
 
 
317 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.07 
 
 
299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
304 aa  265  5e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
309 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.71 
 
 
299 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
305 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  46.21 
 
 
867 aa  255  6e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.85 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
310 aa  251  1e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3777  peptide ABC transporter, permease protein  47.14 
 
 
281 aa  249  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
280 aa  248  8e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
293 aa  248  1e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
359 aa  247  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
280 aa  246  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.63 
 
 
293 aa  246  4e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  45.68 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  45.68 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  45.68 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  45.68 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  45.68 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
311 aa  245  8e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
305 aa  245  9e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  45.36 
 
 
300 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
310 aa  243  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>