More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0273 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  100 
 
 
306 aa  611  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.8 
 
 
306 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.18 
 
 
306 aa  479  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.33 
 
 
308 aa  418  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68 
 
 
305 aa  413  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  65 
 
 
318 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  64.33 
 
 
318 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  63.7 
 
 
314 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  67.33 
 
 
312 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  65.35 
 
 
313 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.8 
 
 
310 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.37 
 
 
312 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
312 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
316 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.16 
 
 
323 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
326 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
307 aa  301  8.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  50.17 
 
 
322 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
319 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
315 aa  292  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
303 aa  291  9e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.34 
 
 
303 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  52.71 
 
 
312 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
303 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
303 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.99 
 
 
313 aa  276  4e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
322 aa  271  9e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.99 
 
 
319 aa  269  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
312 aa  265  8.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
302 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.36 
 
 
309 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
306 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
309 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.36 
 
 
304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.95 
 
 
308 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  44.33 
 
 
304 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
304 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
302 aa  245  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  44.67 
 
 
311 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
306 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
309 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
302 aa  235  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
303 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  45.93 
 
 
306 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.18 
 
 
316 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.39 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
312 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
305 aa  215  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.93 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
295 aa  209  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
280 aa  209  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.73 
 
 
302 aa  209  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
302 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.27 
 
 
300 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
284 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
285 aa  206  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.3 
 
 
301 aa  206  5e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  36.95 
 
 
304 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
302 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.54 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.31 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 
293 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.44 
 
 
288 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.63 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.63 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.63 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.63 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.63 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
296 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
299 aa  192  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
274 aa  192  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
295 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
304 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.64 
 
 
308 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
296 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
305 aa  189  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
336 aa  189  4e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
298 aa  189  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
300 aa  188  8e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.67 
 
 
282 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
308 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
305 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
293 aa  186  4e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
300 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
310 aa  186  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
304 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
305 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>