More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7192 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
308 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.01 
 
 
322 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.7 
 
 
313 aa  345  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.89 
 
 
324 aa  344  8.999999999999999e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
319 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.29 
 
 
307 aa  330  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
312 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  58.17 
 
 
312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
326 aa  305  7e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  55.14 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.41 
 
 
303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
315 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
316 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
319 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.04 
 
 
306 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
306 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.83 
 
 
323 aa  288  7e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
303 aa  287  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
303 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
303 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.3 
 
 
308 aa  268  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  46.2 
 
 
314 aa  267  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
312 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  48.19 
 
 
318 aa  261  8e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  47.46 
 
 
318 aa  261  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  48.19 
 
 
306 aa  259  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
310 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
305 aa  251  8.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.5 
 
 
312 aa  250  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  48.15 
 
 
313 aa  248  7e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.16 
 
 
302 aa  248  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  45.39 
 
 
312 aa  248  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
309 aa  235  7e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
302 aa  232  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
304 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
334 aa  228  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
306 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
302 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
306 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
299 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  43.98 
 
 
304 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  41.5 
 
 
311 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.04 
 
 
304 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
287 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  44.07 
 
 
306 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
303 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.11 
 
 
301 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.77 
 
 
316 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.75 
 
 
306 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.03 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.03 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.03 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.03 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.03 
 
 
299 aa  198  9e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
280 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
312 aa  192  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
280 aa  192  7e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
310 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
302 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
285 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
291 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.7 
 
 
284 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.49 
 
 
302 aa  188  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
305 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.5 
 
 
288 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
284 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.89 
 
 
325 aa  186  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  37.31 
 
 
282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  37.92 
 
 
288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.27 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
304 aa  182  6e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.41 
 
 
650 aa  182  8.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.91 
 
 
300 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
299 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
280 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  35.64 
 
 
279 aa  179  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
299 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
292 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
282 aa  179  7e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.980051  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 
302 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
293 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
300 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
293 aa  176  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
344 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.21 
 
 
296 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
346 aa  176  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.357706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
303 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 
304 aa  175  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  34.7 
 
 
304 aa  175  8e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
308 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
343 aa  175  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
307 aa  175  9e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
313 aa  175  9e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
273 aa  175  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
273 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>