More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0385 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
343 aa  680    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.35 
 
 
344 aa  654    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.33 
 
 
342 aa  474  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.79 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
310 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.26 
 
 
313 aa  299  6e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.05 
 
 
303 aa  292  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.05 
 
 
303 aa  292  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  53.47 
 
 
310 aa  292  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.79 
 
 
307 aa  291  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.27 
 
 
304 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3878  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  47.62 
 
 
305 aa  263  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
323 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
280 aa  248  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
280 aa  247  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
349 aa  243  5e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.877602  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.78 
 
 
285 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 
282 aa  238  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
285 aa  238  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.54 
 
 
284 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
280 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  48.78 
 
 
285 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  48.62 
 
 
304 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  48.62 
 
 
304 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
495 aa  227  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  42.76 
 
 
296 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  48.18 
 
 
288 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
497 aa  224  1e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
307 aa  223  3e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
293 aa  223  4e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
284 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
485 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  39.24 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.61 
 
 
494 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
496 aa  219  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.65 
 
 
479 aa  218  8.999999999999998e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.89 
 
 
473 aa  218  8.999999999999998e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.28 
 
 
283 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
278 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  37.65 
 
 
300 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  46.86 
 
 
283 aa  215  7e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  46.86 
 
 
283 aa  215  9e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.86 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.86 
 
 
283 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  37.65 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  46.44 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  46.44 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  37.04 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
300 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
299 aa  212  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
304 aa  212  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.03 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
274 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
310 aa  211  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
258 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
468 aa  209  7e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.95 
 
 
307 aa  208  9e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.31 
 
 
279 aa  208  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
296 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
284 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
300 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  34.95 
 
 
307 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 
313 aa  207  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
299 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
310 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.46 
 
 
302 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  38.26 
 
 
284 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
307 aa  206  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
313 aa  206  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
304 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
287 aa  205  9e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  45.31 
 
 
305 aa  204  1e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  34.63 
 
 
307 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.63 
 
 
307 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.56 
 
 
289 aa  205  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
307 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.4 
 
 
309 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
297 aa  203  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  37.06 
 
 
304 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
310 aa  203  5e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
359 aa  202  5e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  39.01 
 
 
341 aa  202  6e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
307 aa  202  6e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
347 aa  202  7e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.435279  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1069  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 
338 aa  202  8e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  39.17 
 
 
331 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  34.3 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.97 
 
 
309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.9 
 
 
293 aa  200  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>