More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0606 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
323 aa  626  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.55 
 
 
330 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.18 
 
 
349 aa  361  8e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.877602  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3878  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  60.61 
 
 
305 aa  333  3e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.68 
 
 
342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.92 
 
 
344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
343 aa  280  3e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.55 
 
 
313 aa  264  2e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.82 
 
 
310 aa  260  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.24 
 
 
307 aa  255  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.14 
 
 
303 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.14 
 
 
303 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.3 
 
 
307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  48.85 
 
 
310 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
304 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
300 aa  216  4e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
296 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
310 aa  212  5.999999999999999e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
485 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
285 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.19 
 
 
285 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.86 
 
 
284 aa  209  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
495 aa  209  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.22 
 
 
473 aa  207  3e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
496 aa  206  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.34 
 
 
282 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
497 aa  206  4e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
284 aa  206  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.86 
 
 
302 aa  206  5e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
300 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.4 
 
 
479 aa  205  7e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
494 aa  205  9e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
285 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
299 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
309 aa  203  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.75 
 
 
293 aa  202  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
304 aa  202  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
301 aa  202  6e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
312 aa  202  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
308 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.64 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.8 
 
 
296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  36.3 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.42 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  38.83 
 
 
304 aa  200  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  38.83 
 
 
304 aa  200  3e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
307 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  36.9 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  36.55 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.9 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 
306 aa  199  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  40.83 
 
 
283 aa  199  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  37.74 
 
 
302 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.7 
 
 
283 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  37.05 
 
 
300 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  37.05 
 
 
302 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
283 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
313 aa  198  9e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  40.48 
 
 
283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  36.55 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  40.48 
 
 
283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.48 
 
 
283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.28 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
305 aa  197  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
301 aa  196  3e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  40.57 
 
 
288 aa  196  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 
307 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  37.42 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  37.42 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  37.42 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  37.42 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  36.89 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
307 aa  196  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
307 aa  196  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 
283 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
325 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
297 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
302 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
298 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
274 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
297 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
309 aa  193  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>