More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1571 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  74.59 
 
 
308 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.4 
 
 
317 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
308 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  60 
 
 
300 aa  352  5e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  55.52 
 
 
302 aa  346  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  58.28 
 
 
300 aa  344  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  57.24 
 
 
300 aa  343  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.42 
 
 
301 aa  328  9e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  53.63 
 
 
310 aa  324  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.05 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.4 
 
 
302 aa  318  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  54.4 
 
 
302 aa  318  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  54.4 
 
 
302 aa  318  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  54.4 
 
 
302 aa  318  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  54.4 
 
 
302 aa  318  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.05 
 
 
302 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01219  oligopeptide transporter subunit  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0051729  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1354  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000186421  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1393  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.380796  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01229  hypothetical protein  55.37 
 
 
302 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1731  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  55.37 
 
 
301 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.1425  normal  0.136954 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1958  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  56.03 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.268975  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.303365  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2161  oligopeptide transport system permease  56.03 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00516752  normal  0.0301341 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1895  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  55.37 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.213821  normal  0.110744 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1414  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  55.37 
 
 
302 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.585769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.21 
 
 
302 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.95 
 
 
302 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
299 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.08 
 
 
302 aa  299  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0767914  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.1 
 
 
302 aa  296  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.1 
 
 
302 aa  295  7e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.32 
 
 
305 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
301 aa  285  7e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.69178  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
304 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
305 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.08 
 
 
300 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
300 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
300 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
300 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.9 
 
 
296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.01 
 
 
300 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  47.72 
 
 
293 aa  269  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0117  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  52.43 
 
 
300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697818  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2217  oligopeptide ABC transporter, permease protein  51.19 
 
 
300 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
301 aa  259  4e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2901  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.85 
 
 
300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00914111  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1251  putative oligopeptide transport system permease protein  50.85 
 
 
300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3017  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.85 
 
 
300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  51.19 
 
 
300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0353  oligopeptide ABC transporter, permease protein  50.85 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0387  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.85 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.510408  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1726  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.85 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.55 
 
 
379 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.750131  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
379 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
377 aa  245  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0465  oligopeptide ABC transporter, permease protein  53.44 
 
 
386 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1479  ABC oligopeptide transporter, inner membrane subunit OppC  53.47 
 
 
379 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.230564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 
379 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0535  oligopeptide ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
386 aa  241  7.999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
310 aa  236  4e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
376 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.161422  normal  0.279284 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
310 aa  236  4e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1403  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  57.73 
 
 
373 aa  235  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
310 aa  230  3e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.99 
 
 
320 aa  221  9e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
327 aa  218  7.999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000093135  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
369 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517681  normal  0.475934 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
325 aa  217  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
321 aa  215  8e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  44.14 
 
 
349 aa  214  9.999999999999999e-55  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
304 aa  212  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
313 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
356 aa  208  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
356 aa  208  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.724279  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
314 aa  208  7e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
338 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0104198  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
334 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
309 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
363 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
363 aa  207  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.874263 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5113  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.49 
 
 
334 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0211  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.78 
 
 
334 aa  205  7e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
313 aa  204  1e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0187  oligopeptide ABC transporter permease  40.78 
 
 
334 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0230  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
334 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
308 aa  204  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.717145 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0206  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.78 
 
 
334 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0186  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.78 
 
 
334 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.88 
 
 
867 aa  203  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>