More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3780 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
260 aa  497  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.3 
 
 
299 aa  278  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.33 
 
 
302 aa  264  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 
301 aa  250  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.69178  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
305 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  46.64 
 
 
300 aa  247  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.83 
 
 
300 aa  248  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  47.43 
 
 
302 aa  245  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.48 
 
 
305 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
308 aa  245  6e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
300 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  47.43 
 
 
300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.18 
 
 
300 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.18 
 
 
300 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.18 
 
 
300 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.41 
 
 
302 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
379 aa  238  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.750131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  49.01 
 
 
302 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  50.98 
 
 
304 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  49.01 
 
 
302 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  49.01 
 
 
302 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  49.01 
 
 
302 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  49.01 
 
 
302 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0353  oligopeptide ABC transporter, permease protein  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1251  putative oligopeptide transport system permease protein  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1726  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3017  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2901  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00914111  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0387  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.09 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.510408  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.98 
 
 
304 aa  235  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2217  oligopeptide ABC transporter, permease protein  53.33 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  52.67 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  48.82 
 
 
293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0117  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  53.51 
 
 
300 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697818  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.82 
 
 
296 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
302 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.53 
 
 
301 aa  228  6e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
317 aa  228  7e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  45.77 
 
 
310 aa  228  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
301 aa  227  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.83 
 
 
379 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01219  oligopeptide transporter subunit  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0051729  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1354  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000186421  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1393  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.380796  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01229  hypothetical protein  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1414  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.2 
 
 
302 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.585769  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1731  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.2 
 
 
301 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.1425  normal  0.136954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1895  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  50.2 
 
 
301 aa  222  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.213821  normal  0.110744 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1479  ABC oligopeptide transporter, inner membrane subunit OppC  52.36 
 
 
379 aa  221  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.230564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
379 aa  221  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.61 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0767914  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2161  oligopeptide transport system permease  48.03 
 
 
301 aa  217  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00516752  normal  0.0301341 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.46 
 
 
308 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
301 aa  217  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.303365  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1958  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  48.03 
 
 
301 aa  217  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.268975  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
302 aa  211  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0465  oligopeptide ABC transporter, permease protein  50.94 
 
 
386 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
377 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0535  oligopeptide ABC transporter, permease protein  50.47 
 
 
386 aa  208  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
369 aa  206  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659828 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.47 
 
 
353 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.28935  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.41 
 
 
369 aa  204  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517681  normal  0.475934 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
310 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1403  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  52.58 
 
 
373 aa  194  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.11 
 
 
376 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.161422  normal  0.279284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.96 
 
 
366 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal  0.0491821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6091  cyclic nucleotide-binding protein  57.08 
 
 
366 aa  188  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
314 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.9 
 
 
363 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.9 
 
 
363 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.874263 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
310 aa  184  9e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  41.59 
 
 
349 aa  182  3e-45  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.43 
 
 
373 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.946772 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
340 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
327 aa  180  2e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000093135  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
356 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.724279  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
356 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0571  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.77 
 
 
313 aa  177  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0150  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 
343 aa  176  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
361 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
325 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_930  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.18 
 
 
301 aa  169  5e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
338 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0104198  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
321 aa  168  8e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1930  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease component  38.5 
 
 
341 aa  168  9e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0488899  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4106  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.34 
 
 
338 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1236  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
338 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.519507  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1340  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
338 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1302  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 
338 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.793608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1079  oligopeptide ABC transporter, permease  39.15 
 
 
338 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1193  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.15 
 
 
338 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0326029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>