More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4274 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.62 
 
 
363 aa  678    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
363 aa  689    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.874263 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90 
 
 
373 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.946772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.24 
 
 
369 aa  420  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517681  normal  0.475934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6091  cyclic nucleotide-binding protein  65.14 
 
 
366 aa  374  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.01 
 
 
379 aa  351  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.750131  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.15 
 
 
366 aa  345  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal  0.0491821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.33 
 
 
353 aa  339  5e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.28935  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0535  oligopeptide ABC transporter, permease protein  50.57 
 
 
386 aa  319  3.9999999999999996e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0465  oligopeptide ABC transporter, permease protein  50.57 
 
 
386 aa  319  3.9999999999999996e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.57 
 
 
377 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.86 
 
 
379 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1479  ABC oligopeptide transporter, inner membrane subunit OppC  51.86 
 
 
379 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.230564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.86 
 
 
379 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 
369 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659828 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.86 
 
 
376 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.161422  normal  0.279284 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1403  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  47.56 
 
 
373 aa  289  6e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.53 
 
 
308 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.55 
 
 
299 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.53 
 
 
302 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  57.14 
 
 
300 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  55.51 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  56.68 
 
 
302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 
300 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.45 
 
 
301 aa  251  2e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  56.22 
 
 
302 aa  242  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  56.22 
 
 
302 aa  242  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  56.22 
 
 
302 aa  242  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  56.22 
 
 
302 aa  242  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  56.22 
 
 
302 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.22 
 
 
302 aa  240  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  53.88 
 
 
293 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.42 
 
 
301 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.69178  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.89 
 
 
304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  53.92 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
302 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.98 
 
 
301 aa  231  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
300 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
300 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
300 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
300 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
300 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0117  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.38 
 
 
300 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697818  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
296 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
305 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2217  oligopeptide ABC transporter, permease protein  54.84 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.54 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
305 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0353  oligopeptide ABC transporter, permease protein  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1251  putative oligopeptide transport system permease protein  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1726  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3017  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2901  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00914111  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0387  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  53.54 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.510408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01219  oligopeptide transporter subunit  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0051729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135484 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01229  hypothetical protein  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239558  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1393  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.380796  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1354  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000186421  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  47 
 
 
310 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1414  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.585769  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1731  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.35 
 
 
301 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.1425  normal  0.136954 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  49.54 
 
 
308 aa  224  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1895  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  54.35 
 
 
301 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.213821  normal  0.110744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.78 
 
 
317 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
307 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
307 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2161  oligopeptide transport system permease  56.68 
 
 
301 aa  223  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00516752  normal  0.0301341 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
301 aa  223  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.303365  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1958  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  56.68 
 
 
301 aa  223  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.268975  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
302 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.11 
 
 
302 aa  219  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0767914  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
302 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.02 
 
 
310 aa  217  2.9999999999999998e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
302 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
310 aa  202  8e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.9 
 
 
260 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.47 
 
 
479 aa  199  5e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
485 aa  199  6e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  36.03 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
340 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
496 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
356 aa  195  8.000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.724279  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
356 aa  195  8.000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
494 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0571  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.43 
 
 
313 aa  194  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
495 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.18 
 
 
473 aa  191  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
497 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  43.89 
 
 
288 aa  189  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
361 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
347 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000434539  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  39.08 
 
 
320 aa  187  4e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.66 
 
 
282 aa  185  8e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1225  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
327 aa  183  3e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000093135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>