More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5301 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
296 aa  580  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
280 aa  253  3e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.12 
 
 
284 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  48.04 
 
 
282 aa  246  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  48.7 
 
 
288 aa  246  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
280 aa  246  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
285 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.3 
 
 
284 aa  238  8e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.42 
 
 
285 aa  237  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.85 
 
 
274 aa  235  6e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
285 aa  234  9e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.89 
 
 
160 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
300 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
287 aa  226  3e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
343 aa  226  3e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.43 
 
 
344 aa  225  6e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
310 aa  223  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  39.48 
 
 
279 aa  219  5e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.57 
 
 
283 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.7 
 
 
283 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  47.41 
 
 
479 aa  218  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 
283 aa  218  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
299 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6674  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0258683  normal  0.60671 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.53 
 
 
495 aa  216  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.33 
 
 
283 aa  215  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.53 
 
 
497 aa  216  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  41.33 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.33 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
309 aa  215  8e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  40.96 
 
 
283 aa  215  9e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
283 aa  215  9e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
284 aa  214  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0407  peptide ABC transporter, permease protein  42.57 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.02 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
278 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.81 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0350  peptide ABC transporter, permease protein  42.23 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
494 aa  212  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  46.33 
 
 
327 aa  211  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 
304 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  44.6 
 
 
304 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
299 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
310 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 
485 aa  209  4e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
307 aa  209  4e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  42.55 
 
 
305 aa  207  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
496 aa  207  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  43.32 
 
 
276 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
342 aa  206  5e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
344 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
319 aa  205  7e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.112458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
308 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
293 aa  203  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
296 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.69 
 
 
473 aa  203  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
304 aa  203  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
305 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.79 
 
 
307 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
300 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  38.56 
 
 
302 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  39.79 
 
 
307 aa  202  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
291 aa  202  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.49 
 
 
307 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
304 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
280 aa  202  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275681  normal  0.0822975 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
310 aa  202  8e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  38.05 
 
 
867 aa  201  9e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.16 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  40.14 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.16 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.16 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.16 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.16 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.4 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44 
 
 
289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  44.37 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.99 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.684387  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
258 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
294 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
304 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  39.08 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3258  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.54 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.08 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
289 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
291 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
304 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
306 aa  198  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
310 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
307 aa  198  9e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>