More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6953 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  100 
 
 
310 aa  597  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.08 
 
 
310 aa  417  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.31 
 
 
307 aa  401  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.7 
 
 
307 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.63 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
303 aa  325  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
303 aa  325  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 
343 aa  325  7e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
344 aa  317  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
342 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.84 
 
 
304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3878  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.07 
 
 
305 aa  262  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
330 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
323 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
280 aa  233  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
285 aa  233  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.55 
 
 
288 aa  230  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
349 aa  230  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.877602  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
280 aa  229  6e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  47.67 
 
 
282 aa  225  6e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.4 
 
 
304 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  43.4 
 
 
304 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.88 
 
 
284 aa  219  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
300 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.61 
 
 
285 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  44.37 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.57 
 
 
288 aa  213  4.9999999999999996e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
284 aa  212  7e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
274 aa  209  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
307 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
299 aa  206  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  39.22 
 
 
307 aa  206  6e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.28 
 
 
307 aa  205  6e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.11 
 
 
302 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
310 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.83 
 
 
283 aa  202  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  40.32 
 
 
867 aa  202  6e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
307 aa  202  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  38.83 
 
 
283 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.83 
 
 
283 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
468 aa  202  9e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  38.49 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.4 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
283 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
283 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  39.01 
 
 
284 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  38.49 
 
 
283 aa  199  5e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
310 aa  199  5e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  38.87 
 
 
302 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
293 aa  199  6e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 
307 aa  198  7e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
307 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
307 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
300 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
313 aa  198  9e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  38.54 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.43 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  38.19 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.43 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.43 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.43 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.43 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  39.86 
 
 
310 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
304 aa  197  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 
277 aa  196  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  37.81 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
495 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
302 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
300 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
344 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
313 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  37.81 
 
 
300 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
300 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  42.11 
 
 
302 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  42.11 
 
 
302 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
284 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  39.6 
 
 
304 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  42.11 
 
 
302 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
494 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
315 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>