More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0713 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
330 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.18 
 
 
349 aa  360  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.877602  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.52 
 
 
323 aa  350  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3878  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  56.27 
 
 
305 aa  319  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
344 aa  276  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.66 
 
 
313 aa  268  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
342 aa  264  2e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
303 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
303 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
310 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
307 aa  256  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
307 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
304 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  46.3 
 
 
310 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
299 aa  208  8e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
285 aa  208  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
280 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  42.21 
 
 
304 aa  206  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  42.21 
 
 
304 aa  206  5e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.81 
 
 
284 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
468 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
300 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
310 aa  202  7e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
313 aa  200  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.73 
 
 
288 aa  199  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 
285 aa  199  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
296 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
280 aa  198  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
310 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
485 aa  195  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.34 
 
 
479 aa  194  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.34 
 
 
307 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
282 aa  193  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  37.34 
 
 
307 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
310 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.16 
 
 
495 aa  193  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.66 
 
 
306 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
497 aa  192  6e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
309 aa  192  6e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
284 aa  192  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
312 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 
306 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
299 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
283 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
494 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1069  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 
338 aa  190  2e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  37.24 
 
 
341 aa  190  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
300 aa  191  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
312 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
307 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  46.98 
 
 
284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
496 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  38.39 
 
 
331 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.83 
 
 
296 aa  189  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  42.04 
 
 
283 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  36.25 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.04 
 
 
283 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  37.01 
 
 
307 aa  189  7e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  42.04 
 
 
283 aa  189  7e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.01 
 
 
307 aa  189  7e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  44.3 
 
 
305 aa  189  8e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
283 aa  189  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 
307 aa  188  9e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
283 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  42.04 
 
 
283 aa  188  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.54 
 
 
325 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
283 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
310 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
283 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  38.51 
 
 
302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.51 
 
 
302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
301 aa  186  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.51 
 
 
302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.27 
 
 
293 aa  187  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.74 
 
 
473 aa  186  4e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
305 aa  186  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.76 
 
 
302 aa  186  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1225  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
332 aa  185  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>