More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2642 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  547  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.86 
 
 
280 aa  535  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.93 
 
 
280 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  81.21 
 
 
284 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  82.96 
 
 
282 aa  432  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.21 
 
 
285 aa  417  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.02 
 
 
285 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  66.67 
 
 
288 aa  362  4e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.31 
 
 
274 aa  362  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  62.87 
 
 
285 aa  343  2e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.96 
 
 
300 aa  333  2e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.31 
 
 
284 aa  332  3e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.58 
 
 
278 aa  322  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.18 
 
 
258 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
293 aa  282  5.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
485 aa  278  7e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
496 aa  278  8e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
494 aa  278  8e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.66 
 
 
495 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  56.39 
 
 
479 aa  276  3e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  55.76 
 
 
473 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
497 aa  272  4.0000000000000004e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  47.92 
 
 
304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  47.92 
 
 
304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.74 
 
 
283 aa  268  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  46.38 
 
 
283 aa  267  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
283 aa  267  1e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  47.87 
 
 
301 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  46.38 
 
 
283 aa  265  4e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  46.38 
 
 
283 aa  265  4e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  46.38 
 
 
283 aa  265  4e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.01 
 
 
283 aa  265  5e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
283 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
299 aa  264  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
287 aa  263  2e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.01 
 
 
283 aa  263  3e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 
300 aa  262  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
299 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
304 aa  262  4.999999999999999e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.83 
 
 
359 aa  261  1e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  45.23 
 
 
304 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  47.52 
 
 
300 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.16 
 
 
300 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.16 
 
 
300 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
299 aa  258  6e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.39 
 
 
542 aa  258  1e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
294 aa  256  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  47.19 
 
 
284 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.06 
 
 
307 aa  256  4e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.71 
 
 
307 aa  255  7e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  42.71 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  42.71 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  44.79 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.71 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  50.19 
 
 
296 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
307 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
300 aa  252  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  44.1 
 
 
306 aa  251  7e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.26 
 
 
293 aa  251  9.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  44.1 
 
 
306 aa  251  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
302 aa  250  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
310 aa  251  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.38 
 
 
299 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  43.38 
 
 
299 aa  250  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  43.38 
 
 
299 aa  250  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.38 
 
 
299 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 
310 aa  250  2e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  43.38 
 
 
299 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
307 aa  249  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
313 aa  249  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.22 
 
 
277 aa  249  3e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
307 aa  249  3e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
294 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
300 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.74 
 
 
279 aa  249  5e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.65 
 
 
321 aa  248  6e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
309 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
304 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
304 aa  247  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
343 aa  247  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
295 aa  246  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
344 aa  246  3e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  45.39 
 
 
867 aa  246  3e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
342 aa  244  8e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.17 
 
 
325 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  46.74 
 
 
276 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.88 
 
 
302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.88 
 
 
302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.79 
 
 
288 aa  243  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.88 
 
 
302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.09 
 
 
282 aa  242  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.980051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>