More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1669 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 300 aa  591  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  82 
 
 		 300 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82 
 
 		 300 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  81.67 
 
 		 300 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.04 
 
 		 302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  73.6 
 
 		 302 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  72.61 
 
 		 293 aa  419  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.95 
 
 		 311 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.33 
 
 		 296 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  65.96 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.33 
 
 		 296 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.25 
 
 		 308 aa  374  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.08 
 
 		 300 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.31 
 
 		 308 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.54 
 
 		 325 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 		 304 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  66.43 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.3 
 
 		 303 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  65.96 
 
 		 303 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.16 
 
 		 302 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.6 
 
 		 303 aa  363  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.96 
 
 		 308 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  65.37 
 
 		 303 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.96 
 
 		 308 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.96 
 
 		 308 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.03 
 
 		 305 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  65.02 
 
 		 303 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  65.84 
 
 		 305 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 		 303 aa  358  7e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 		 305 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  63 
 
 		 300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 		 305 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  62 
 
 		 300 aa  354  7.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.34 
 
 		 305 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.34 
 
 		 305 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.34 
 
 		 305 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  61.54 
 
 		 299 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 		 303 aa  345  5e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  62.54 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  62.54 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  62.54 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0222  dipeptide transport system permease protein  65.6 
 
 		 305 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  62.54 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  62.54 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.99 
 
 		 305 aa  341  9e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.8 
 
 		 305 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  64.69 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.472877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  59.07 
 
 		 301 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0140  dipeptide transporter  63.83 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0051  dipeptide transporter  62 
 
 		 300 aa  333  3e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.644242  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0258  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  64.18 
 
 		 313 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0245  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  64.18 
 
 		 313 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0439  dipeptide transport system permease protein  64.18 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.760641  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03393  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4034  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3741  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03344  hypothetical protein  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4910  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3861  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0173  dipeptide transporter  62.84 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3989  dipeptide transporter  61.15 
 
 		 298 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4073  dipeptide transporter  63.83 
 
 		 300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4058  dipeptide transporter  63.83 
 
 		 300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0090  dipeptide transporter  63.83 
 
 		 300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.448882  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12500  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  63.12 
 
 		 299 aa  311  9e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0323482  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 		 304 aa  286  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.33 
 
 		 304 aa  280  3e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 		 299 aa  278  9e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 		 296 aa  276  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  48.26 
 
 		 317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 		 309 aa  270  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.72 
 
 		 287 aa  270  2e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.8 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.36 
 
 		 319 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 		 280 aa  262  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 		 294 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 		 300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 		 310 aa  258  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  48.81 
 
 		 301 aa  258  8e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  45.1 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 		 310 aa  256  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.81 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  45.62 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  45.62 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  45.62 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  45.62 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  47.65 
 
 		 867 aa  253  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  45.62 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 		 311 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 		 300 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>