More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1405 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
542 aa  1086    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
258 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  56.28 
 
 
288 aa  259  9e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.39 
 
 
280 aa  258  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
280 aa  258  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.16 
 
 
274 aa  256  6e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.73 
 
 
278 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.87 
 
 
284 aa  254  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  49.62 
 
 
479 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
496 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  55.08 
 
 
285 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
280 aa  253  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.8 
 
 
285 aa  252  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.12 
 
 
485 aa  251  3e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  52.16 
 
 
282 aa  248  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.39 
 
 
285 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  51.79 
 
 
473 aa  248  3e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
494 aa  248  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.57 
 
 
495 aa  246  6e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.01 
 
 
300 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.02 
 
 
497 aa  240  5.999999999999999e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.98 
 
 
284 aa  239  8e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.94 
 
 
417 aa  227  4e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.332337  normal  0.235553 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 
398 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.410592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.53 
 
 
301 aa  221  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 
287 aa  216  9.999999999999999e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
299 aa  214  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
603 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.959889  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
293 aa  210  4e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
291 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2772  ABC transporter, inner membrane subunit  45.86 
 
 
378 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
299 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
299 aa  206  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
399 aa  205  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.02594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.03 
 
 
290 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
296 aa  204  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
304 aa  204  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.73 
 
 
307 aa  203  6e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  43.73 
 
 
307 aa  203  8e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.49 
 
 
300 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
302 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
300 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
304 aa  201  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  46.09 
 
 
304 aa  201  3e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.07 
 
 
288 aa  200  6e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.35 
 
 
307 aa  200  7e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
312 aa  199  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.61 
 
 
317 aa  199  7.999999999999999e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  47.03 
 
 
300 aa  199  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  42.59 
 
 
307 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  42.97 
 
 
307 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  39.84 
 
 
279 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.59 
 
 
307 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
306 aa  197  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
293 aa  198  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.21 
 
 
289 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
306 aa  197  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  43.67 
 
 
284 aa  197  6e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
318 aa  197  6e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
356 aa  196  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
356 aa  196  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.724279  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
300 aa  196  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
307 aa  195  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.32 
 
 
283 aa  195  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
295 aa  195  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.32 
 
 
283 aa  194  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  41.32 
 
 
283 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.32 
 
 
283 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.4 
 
 
325 aa  194  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
294 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
300 aa  194  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
310 aa  194  3e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.77 
 
 
299 aa  194  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.67 
 
 
283 aa  194  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.77 
 
 
299 aa  194  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  41.32 
 
 
283 aa  194  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.77 
 
 
299 aa  194  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.67 
 
 
283 aa  194  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.77 
 
 
299 aa  194  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
283 aa  194  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.77 
 
 
299 aa  194  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.46 
 
 
302 aa  193  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
303 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
343 aa  193  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
359 aa  193  7e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
310 aa  192  9e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
344 aa  192  9e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
273 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 
283 aa  192  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
304 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.98 
 
 
306 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
302 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
344 aa  191  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
316 aa  191  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
277 aa  191  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.05 
 
 
283 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
293 aa  191  4e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
352 aa  190  4e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000439393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>