More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0958 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  643    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
293 aa  268  7e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
299 aa  267  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
299 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
296 aa  257  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  44.4 
 
 
293 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
307 aa  241  1e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.8 
 
 
299 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.8 
 
 
299 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.8 
 
 
299 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.8 
 
 
299 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.8 
 
 
299 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
299 aa  235  7e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.8 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
300 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
294 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
310 aa  225  6e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.96 
 
 
300 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
300 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
298 aa  224  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
309 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
299 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
313 aa  224  2e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
299 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.85 
 
 
317 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
299 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
347 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000434539  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  43.55 
 
 
282 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
287 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.58 
 
 
300 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.58 
 
 
300 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.55 
 
 
304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  43.55 
 
 
304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.43 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
297 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 
320 aa  220  3e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.83 
 
 
327 aa  219  3e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000093135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
312 aa  220  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
297 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
325 aa  219  5e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
300 aa  219  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  42.65 
 
 
276 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.57 
 
 
279 aa  218  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
295 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
304 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
298 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
300 aa  217  2e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
288 aa  217  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.02 
 
 
273 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  38.69 
 
 
307 aa  216  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
310 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
280 aa  216  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
319 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.39 
 
 
306 aa  216  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
300 aa  215  7e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.85 
 
 
303 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  39.72 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.06 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
331 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  35.16 
 
 
867 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.87 
 
 
290 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.33 
 
 
303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
297 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.35 
 
 
283 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
310 aa  212  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
308 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.44 
 
 
285 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
289 aa  212  7e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
307 aa  212  7e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
301 aa  212  7e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.98 
 
 
303 aa  212  7.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.98 
 
 
303 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.98 
 
 
303 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
280 aa  212  9e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
285 aa  211  9e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
303 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
300 aa  211  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
274 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  37.63 
 
 
303 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>