More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4111 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
299 aa  587  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99 
 
 
299 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.15 
 
 
298 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87 
 
 
300 aa  501  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.56 
 
 
294 aa  345  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  62.28 
 
 
302 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.86 
 
 
297 aa  331  9e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.86 
 
 
297 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.56 
 
 
297 aa  330  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.53 
 
 
297 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.53 
 
 
297 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.53 
 
 
297 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.49 
 
 
301 aa  328  8e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
301 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.5 
 
 
297 aa  326  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  59.86 
 
 
299 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  58.3 
 
 
303 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  58.3 
 
 
303 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  58.3 
 
 
303 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.95 
 
 
303 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
303 aa  325  5e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.71 
 
 
303 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  57.95 
 
 
303 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
303 aa  325  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  58.3 
 
 
303 aa  325  7e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.97 
 
 
301 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  62.99 
 
 
300 aa  322  4e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  57.6 
 
 
303 aa  322  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.26 
 
 
300 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
301 aa  318  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.99 
 
 
303 aa  317  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
299 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.66 
 
 
300 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
299 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  58.66 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  58.66 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  58.66 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  58.66 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  58.66 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  57.29 
 
 
301 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.61 
 
 
306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.22 
 
 
308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7325  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  56.04 
 
 
300 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.49 
 
 
299 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  48.49 
 
 
299 aa  292  5e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  48.49 
 
 
299 aa  292  5e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  48.49 
 
 
299 aa  292  5e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.49 
 
 
299 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.03 
 
 
307 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.32 
 
 
299 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
302 aa  279  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
311 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
299 aa  275  9e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.19 
 
 
306 aa  275  9e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.65 
 
 
307 aa  265  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
307 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
296 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
301 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
287 aa  260  2e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
313 aa  258  7e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
305 aa  253  3e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
289 aa  252  7e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  49.12 
 
 
300 aa  247  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
300 aa  246  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.19 
 
 
301 aa  245  6e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.01 
 
 
304 aa  245  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
310 aa  242  3.9999999999999997e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.3 
 
 
308 aa  242  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.04 
 
 
300 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
303 aa  242  6e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
300 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  42.47 
 
 
301 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.24 
 
 
279 aa  240  2e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
290 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  43.06 
 
 
276 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.16 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
300 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
308 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.44 
 
 
359 aa  236  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
301 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
310 aa  237  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.37 
 
 
290 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  42.44 
 
 
298 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
294 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.3 
 
 
293 aa  236  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.34 
 
 
317 aa  235  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  47.21 
 
 
300 aa  235  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.94 
 
 
321 aa  235  8e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.55 
 
 
293 aa  234  9e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>