More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3105 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  609  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.6 
 
 
306 aa  487  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.55 
 
 
299 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.86 
 
 
299 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  81.85 
 
 
303 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.84 
 
 
301 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.04 
 
 
297 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.04 
 
 
297 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  80.5 
 
 
302 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.36 
 
 
297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  80 
 
 
301 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.7 
 
 
297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.47 
 
 
301 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.96 
 
 
308 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  76.16 
 
 
299 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  80.5 
 
 
300 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.48 
 
 
306 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.07 
 
 
300 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.03 
 
 
297 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.67 
 
 
297 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.73 
 
 
311 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  78.01 
 
 
297 aa  461  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  74.4 
 
 
303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.4 
 
 
303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  74.74 
 
 
303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  74.74 
 
 
303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  74.4 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.74 
 
 
303 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  74.74 
 
 
303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  74.4 
 
 
303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7325  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  77.93 
 
 
300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  74.74 
 
 
303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.44 
 
 
301 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.74 
 
 
300 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.4 
 
 
303 aa  447  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.09 
 
 
301 aa  441  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.07 
 
 
302 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  74.06 
 
 
303 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  74.06 
 
 
303 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  74.06 
 
 
303 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  74.06 
 
 
303 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  74.06 
 
 
303 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.8 
 
 
294 aa  341  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 
298 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.03 
 
 
299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.03 
 
 
299 aa  312  4.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  50.89 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  50.89 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  50.89 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  50.89 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  50.89 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.1 
 
 
300 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
299 aa  278  7e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
296 aa  278  9e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 
299 aa  268  1e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.78 
 
 
301 aa  259  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
287 aa  256  2e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.73 
 
 
317 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.6 
 
 
277 aa  252  7e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
304 aa  247  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
310 aa  241  1e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
309 aa  241  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  45.79 
 
 
276 aa  239  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
313 aa  239  5.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.55 
 
 
300 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
300 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  46.64 
 
 
279 aa  237  1e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
289 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  45.36 
 
 
300 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
280 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  43.64 
 
 
282 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
280 aa  232  6e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
296 aa  231  1e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
291 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
293 aa  231  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  43.25 
 
 
304 aa  229  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.64 
 
 
290 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
310 aa  229  5e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
305 aa  229  6e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
300 aa  228  7e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
302 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
295 aa  228  9e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.82 
 
 
325 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
302 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
291 aa  227  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
309 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.805329  normal  0.0512458 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.11 
 
 
288 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
285 aa  226  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
285 aa  225  6e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>