More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5351 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
317 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  51.93 
 
 
301 aa  291  8e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 
287 aa  290  3e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.94 
 
 
299 aa  285  5e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  46.94 
 
 
299 aa  285  5e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  46.94 
 
 
299 aa  285  5e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.94 
 
 
299 aa  285  5e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  46.94 
 
 
299 aa  285  5e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.46 
 
 
296 aa  285  7e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
299 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.66 
 
 
310 aa  272  6e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
309 aa  270  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.68 
 
 
300 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
300 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.98 
 
 
325 aa  268  7e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
304 aa  266  5e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  48.61 
 
 
300 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
304 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
301 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
302 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  46.76 
 
 
304 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 
301 aa  260  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
300 aa  258  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.36 
 
 
302 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
299 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.14 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
299 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.49 
 
 
296 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.88 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  46.02 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  46.02 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  46.02 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  45.67 
 
 
303 aa  252  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
303 aa  252  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
294 aa  252  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  45.67 
 
 
303 aa  252  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  46.02 
 
 
303 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
308 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.67 
 
 
303 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  46.13 
 
 
279 aa  251  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
302 aa  250  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
297 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  46.1 
 
 
299 aa  249  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
301 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.6 
 
 
297 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
301 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.3 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  48.5 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  48.5 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  56.16 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  48.5 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  48.5 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  48.5 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  46.53 
 
 
302 aa  243  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
308 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 
307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
294 aa  242  5e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
303 aa  242  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.44 
 
 
301 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
296 aa  241  7.999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  43.25 
 
 
300 aa  241  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
305 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.97 
 
 
305 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
311 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
308 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  48.28 
 
 
305 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
308 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  9e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  46.74 
 
 
303 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  42.76 
 
 
302 aa  238  9e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  9e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.62 
 
 
305 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
296 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 
300 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 
302 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
293 aa  237  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.94 
 
 
308 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  46.39 
 
 
303 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.18 
 
 
319 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.92 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.92 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  44.95 
 
 
284 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 
307 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
274 aa  235  8e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
299 aa  235  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
306 aa  235  9e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>