More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1658 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
303 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.14 
 
 
306 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  87.46 
 
 
298 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.5 
 
 
294 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249945  normal  0.298261 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  59.22 
 
 
288 aa  345  4e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  60.57 
 
 
286 aa  339  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
307 aa  251  9.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
301 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
307 aa  245  8e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  42.32 
 
 
867 aa  239  5e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
287 aa  238  6.999999999999999e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
301 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
299 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
305 aa  237  2e-61  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
296 aa  232  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
300 aa  232  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  42.65 
 
 
301 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  43.85 
 
 
299 aa  229  6e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.64 
 
 
295 aa  229  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
299 aa  228  7e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
310 aa  228  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.92 
 
 
313 aa  228  9e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  43 
 
 
300 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
299 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
309 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
300 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
291 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
301 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
297 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
297 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
298 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
301 aa  225  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
297 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
297 aa  225  8e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 
310 aa  225  9e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
295 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.3 
 
 
301 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.11 
 
 
303 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
294 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
304 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
300 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
300 aa  222  7e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.59 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  46.3 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.59 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  43.91 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.59 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.59 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39.59 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.59 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.59 
 
 
298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
305 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  45.52 
 
 
304 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
299 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
304 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
304 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
305 aa  219  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.47 
 
 
296 aa  219  7e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
299 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  46.72 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
286 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.05 
 
 
299 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.05 
 
 
299 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.05 
 
 
299 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.05 
 
 
299 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.05 
 
 
299 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.34 
 
 
301 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.31 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.43 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
289 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
304 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.56 
 
 
310 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
304 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
304 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
304 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
319 aa  215  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
311 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.25 
 
 
294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  45.97 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>