More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1688 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  100 
 
 
298 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  98.99 
 
 
298 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  98.99 
 
 
298 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  98.99 
 
 
298 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.66 
 
 
298 aa  586  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  98.66 
 
 
298 aa  587  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  98.32 
 
 
298 aa  585  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  98.66 
 
 
298 aa  586  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  96.98 
 
 
294 aa  570  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  75.09 
 
 
295 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  64.81 
 
 
282 aa  356  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 
285 aa  280  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
305 aa  265  5.999999999999999e-70  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  48.36 
 
 
301 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
301 aa  259  3e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
307 aa  255  5e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
301 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
301 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.77 
 
 
295 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
310 aa  247  1e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
300 aa  247  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.34 
 
 
299 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  43.34 
 
 
299 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  43.34 
 
 
299 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.34 
 
 
299 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  43.34 
 
 
299 aa  246  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.13 
 
 
301 aa  245  6e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
299 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.05 
 
 
304 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.48 
 
 
300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
274 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.43 
 
 
308 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
304 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44.07 
 
 
300 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
310 aa  238  8e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
300 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
294 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
287 aa  238  1e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.34 
 
 
296 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
294 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  45.85 
 
 
301 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
300 aa  235  8e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.02 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  47.17 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 
309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.42 
 
 
300 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.42 
 
 
309 aa  233  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.42 
 
 
300 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.07 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.33 
 
 
310 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  48.3 
 
 
304 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.81 
 
 
302 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.15 
 
 
289 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
301 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
304 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  46.27 
 
 
298 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.38 
 
 
321 aa  229  5e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
304 aa  228  8e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
319 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
287 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
300 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.38 
 
 
294 aa  228  1e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
297 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
304 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
300 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.56 
 
 
290 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  43.87 
 
 
286 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
299 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
275 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
290 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  49.19 
 
 
303 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
300 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.01 
 
 
325 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
277 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
305 aa  223  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
289 aa  223  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  43.46 
 
 
867 aa  223  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.99 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
298 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.42 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
359 aa  222  6e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
277 aa  222  6e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
300 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.28 
 
 
302 aa  221  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  46.62 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.97 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.85 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>