More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3080 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
283 aa  550  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.18 
 
 
281 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
344 aa  305  4.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.87 
 
 
276 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
276 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  52.22 
 
 
335 aa  296  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.72 
 
 
276 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
332 aa  289  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.98 
 
 
276 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  54.98 
 
 
276 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  54.02 
 
 
327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.44 
 
 
291 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
301 aa  278  9e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  50.74 
 
 
279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
276 aa  272  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  53.87 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
280 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
283 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.48 
 
 
323 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
279 aa  265  8.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
281 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.89 
 
 
279 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
279 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
279 aa  255  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
301 aa  254  8e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
302 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.42 
 
 
306 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.8 
 
 
279 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  46.77 
 
 
274 aa  244  9e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.36 
 
 
292 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.97 
 
 
302 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
307 aa  222  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
274 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
276 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.55 
 
 
288 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  42.63 
 
 
288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 
276 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.5 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
304 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.28 
 
 
301 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.68 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
274 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
494 aa  205  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
280 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
305 aa  204  2e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.34 
 
 
479 aa  203  3e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  46.12 
 
 
256 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.81 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
304 aa  199  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
497 aa  199  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
495 aa  199  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
296 aa  199  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.38 
 
 
473 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
485 aa  199  5e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
258 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
496 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
282 aa  196  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.4 
 
 
285 aa  195  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
343 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  39.08 
 
 
301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
313 aa  193  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
285 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
299 aa  192  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
300 aa  192  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
294 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
295 aa  192  7e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  37.5 
 
 
304 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
297 aa  192  7e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  38.91 
 
 
300 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.51 
 
 
325 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
302 aa  191  9e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
344 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
312 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
542 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
287 aa  189  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.55 
 
 
279 aa  189  5e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
293 aa  189  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
284 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  40.89 
 
 
282 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
294 aa  188  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
305 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.5 
 
 
305 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  38.35 
 
 
303 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>