More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3488 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  86.33 
 
 
279 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.53 
 
 
279 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.36 
 
 
280 aa  353  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  60.95 
 
 
279 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.11 
 
 
279 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.18 
 
 
280 aa  329  4e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
276 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.64 
 
 
279 aa  321  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.41 
 
 
279 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.91 
 
 
279 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.3 
 
 
283 aa  309  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.3 
 
 
281 aa  308  6.999999999999999e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.8 
 
 
276 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.09 
 
 
302 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.9 
 
 
281 aa  284  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.88 
 
 
297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  50.91 
 
 
335 aa  281  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
332 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.47 
 
 
344 aa  279  5e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 
306 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  55.43 
 
 
276 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.71 
 
 
276 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.71 
 
 
276 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.63 
 
 
283 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  49.81 
 
 
274 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
276 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  53.23 
 
 
327 aa  261  8.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
307 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
301 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  54.41 
 
 
323 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.04 
 
 
323 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.14 
 
 
291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.95 
 
 
284 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
302 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  50 
 
 
288 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  45.22 
 
 
276 aa  225  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
299 aa  223  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.68 
 
 
288 aa  220  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
287 aa  219  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
299 aa  215  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
284 aa  211  7e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
298 aa  212  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
295 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.24 
 
 
285 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 
283 aa  209  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
296 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
280 aa  209  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.19 
 
 
283 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.28 
 
 
312 aa  209  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 
283 aa  209  5e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.61 
 
 
283 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
280 aa  208  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  43.19 
 
 
283 aa  208  7e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.19 
 
 
283 aa  208  7e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  43.19 
 
 
283 aa  208  9e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.41 
 
 
283 aa  207  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.9 
 
 
284 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
283 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
278 aa  205  5e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
319 aa  205  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
274 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
304 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.91 
 
 
282 aa  205  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.91 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
300 aa  203  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.7 
 
 
301 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.44 
 
 
302 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
300 aa  202  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
285 aa  202  5e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
298 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.49 
 
 
290 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  44.73 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.35 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.91 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  39.63 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
310 aa  199  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
310 aa  199  5e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
280 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
300 aa  198  7e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
300 aa  198  7.999999999999999e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
294 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
304 aa  198  9e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>