More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3131 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
279 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.47 
 
 
279 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.33 
 
 
279 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.18 
 
 
280 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  60.58 
 
 
279 aa  342  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.71 
 
 
279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
280 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.24 
 
 
276 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.8 
 
 
279 aa  316  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.06 
 
 
279 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.2 
 
 
281 aa  304  8.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.84 
 
 
283 aa  303  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.73 
 
 
279 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  52.54 
 
 
335 aa  294  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
344 aa  288  9e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.11 
 
 
332 aa  285  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
302 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
297 aa  278  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.81 
 
 
281 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.54 
 
 
276 aa  275  6e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.26 
 
 
306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  51.28 
 
 
274 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.57 
 
 
301 aa  268  8.999999999999999e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  51.33 
 
 
327 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.89 
 
 
283 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.54 
 
 
276 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
307 aa  254  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.03 
 
 
291 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  51.09 
 
 
276 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
292 aa  249  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
302 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  52.57 
 
 
323 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.81 
 
 
276 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
301 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.09 
 
 
276 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  51.84 
 
 
323 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.22 
 
 
284 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  47.45 
 
 
288 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
277 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  46.01 
 
 
288 aa  223  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
276 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 
276 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
287 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
295 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.69 
 
 
284 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
303 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.15 
 
 
283 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.38 
 
 
283 aa  208  6e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 
283 aa  209  6e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.83 
 
 
285 aa  208  7e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
274 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  41.38 
 
 
283 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.47 
 
 
283 aa  206  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.86 
 
 
283 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  40.86 
 
 
283 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
280 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.86 
 
 
283 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.5 
 
 
284 aa  205  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
298 aa  205  7e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
296 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.5 
 
 
285 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.95 
 
 
282 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.67 
 
 
300 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
300 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.94 
 
 
300 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
300 aa  203  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
280 aa  203  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
312 aa  202  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
278 aa  202  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.04 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
307 aa  200  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
285 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
304 aa  199  5e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
302 aa  199  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
319 aa  198  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
296 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
304 aa  198  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  48.76 
 
 
256 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.71 
 
 
302 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  38.89 
 
 
301 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
286 aa  196  3e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
299 aa  195  6e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
359 aa  195  9e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
305 aa  194  1e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
305 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
298 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
300 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.96 
 
 
293 aa  192  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
304 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>