More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4283 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
292 aa  566  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.03 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.83 
 
 
301 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.51 
 
 
306 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.28 
 
 
302 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.06 
 
 
307 aa  316  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  48.26 
 
 
335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  49.46 
 
 
279 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
332 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  50.19 
 
 
327 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
276 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
344 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
279 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 
297 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.78 
 
 
279 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 
280 aa  255  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
301 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
281 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
279 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.62 
 
 
323 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.54 
 
 
276 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.36 
 
 
283 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
279 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  46.44 
 
 
274 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
279 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.91 
 
 
276 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
276 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
276 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.1 
 
 
279 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  49.45 
 
 
276 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
283 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
281 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
280 aa  231  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
279 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  47.74 
 
 
323 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
291 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
299 aa  218  6e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.66 
 
 
301 aa  216  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
304 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
280 aa  215  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  45.02 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  40.88 
 
 
288 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
276 aa  202  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
343 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.31 
 
 
304 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  45.87 
 
 
276 aa  199  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
304 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
300 aa  196  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 
274 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.44 
 
 
308 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.55 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.28 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
305 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
313 aa  194  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
285 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
342 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
303 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
296 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 
359 aa  192  5e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
305 aa  192  5e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
310 aa  192  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
308 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.91 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.91 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.91 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.91 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.91 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  39.53 
 
 
303 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.36 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
285 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.69 
 
 
284 aa  188  7e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
303 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
300 aa  188  8e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
319 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
291 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  39.19 
 
 
303 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
300 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.39 
 
 
313 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
304 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
308 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
285 aa  185  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
313 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
308 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
303 aa  185  9e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.6 
 
 
282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>