More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1616 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  552  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.57 
 
 
279 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.72 
 
 
276 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  64.87 
 
 
279 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.21 
 
 
281 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.96 
 
 
283 aa  348  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.45 
 
 
279 aa  343  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.09 
 
 
280 aa  342  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.97 
 
 
279 aa  334  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.73 
 
 
279 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.09 
 
 
280 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.44 
 
 
279 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.91 
 
 
279 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.17 
 
 
297 aa  290  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
344 aa  285  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  55.94 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
332 aa  281  9e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
281 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.82 
 
 
276 aa  278  6e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  48.54 
 
 
335 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.09 
 
 
283 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
302 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
291 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
301 aa  262  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  49.81 
 
 
274 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 
301 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
284 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  53.31 
 
 
323 aa  255  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 
276 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  50.18 
 
 
276 aa  251  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
292 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.72 
 
 
276 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
276 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.05 
 
 
306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  48.29 
 
 
288 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.35 
 
 
307 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  51.1 
 
 
323 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  45.85 
 
 
276 aa  239  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.62 
 
 
288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.95 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
299 aa  229  5e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
276 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
280 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
280 aa  222  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
280 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.26 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
274 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  43.33 
 
 
283 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.12 
 
 
282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.33 
 
 
283 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
300 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.49 
 
 
300 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
283 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
300 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
296 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  42.03 
 
 
283 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  42.03 
 
 
283 aa  210  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.03 
 
 
283 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.13 
 
 
300 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  48.77 
 
 
256 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.91 
 
 
283 aa  209  5e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.12 
 
 
284 aa  207  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
304 aa  206  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.45 
 
 
285 aa  205  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
304 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
296 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40 
 
 
301 aa  203  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
285 aa  203  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
300 aa  203  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.36 
 
 
304 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
303 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
312 aa  201  8e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
303 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
310 aa  199  6e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
302 aa  199  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.25 
 
 
258 aa  199  6e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
310 aa  198  7e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
299 aa  198  9e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.6 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.13 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.07 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  41.97 
 
 
276 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
308 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
289 aa  195  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
309 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 
302 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
304 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
319 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
287 aa  193  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
308 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>