More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2012 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
276 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75 
 
 
276 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  77.17 
 
 
276 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75 
 
 
276 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.64 
 
 
276 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.91 
 
 
291 aa  324  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.93 
 
 
281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.87 
 
 
283 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.35 
 
 
344 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  52.22 
 
 
335 aa  296  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
332 aa  296  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  56.65 
 
 
327 aa  289  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
279 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.8 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.54 
 
 
279 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
276 aa  281  9e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
297 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
280 aa  275  6e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  50.55 
 
 
279 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  55.31 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
279 aa  269  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.21 
 
 
323 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
281 aa  265  8e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
283 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.92 
 
 
279 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.88 
 
 
301 aa  262  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  50.95 
 
 
274 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
302 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 
306 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
280 aa  255  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
279 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.01 
 
 
279 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
301 aa  246  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  46.18 
 
 
276 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
277 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
292 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  50.6 
 
 
288 aa  238  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
307 aa  234  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
274 aa  234  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
302 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  47.25 
 
 
288 aa  224  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
280 aa  217  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
280 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
299 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.44 
 
 
284 aa  208  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
296 aa  208  7e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
285 aa  208  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.65 
 
 
301 aa  206  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
284 aa  205  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
285 aa  204  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  203  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.68 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
300 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
495 aa  202  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.33 
 
 
282 aa  199  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.34 
 
 
302 aa  199  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.39 
 
 
479 aa  198  9e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.96 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
497 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
494 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
496 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
283 aa  194  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
398 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.410592  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
258 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.15 
 
 
283 aa  192  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
300 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  37.23 
 
 
283 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  37.5 
 
 
283 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
485 aa  192  7e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.23 
 
 
283 aa  192  7e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
296 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.13 
 
 
283 aa  191  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
313 aa  191  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  37.13 
 
 
283 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
359 aa  191  1e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.13 
 
 
283 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
284 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.99 
 
 
304 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  40.99 
 
 
304 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
309 aa  190  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.87 
 
 
283 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
310 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.3 
 
 
301 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
300 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
307 aa  189  5e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.71 
 
 
304 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.2 
 
 
285 aa  188  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
308 aa  188  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.44 
 
 
301 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
302 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
304 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
279 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.194033 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
301 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
287 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
304 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>