More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0130 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
306 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.33 
 
 
302 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.31 
 
 
302 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.95 
 
 
301 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.11 
 
 
307 aa  358  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
292 aa  335  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.26 
 
 
279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
281 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
279 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.08 
 
 
335 aa  262  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
332 aa  260  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  47.62 
 
 
279 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 
276 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.42 
 
 
283 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
280 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
301 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  47.15 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
281 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  46.49 
 
 
274 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
276 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
297 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.35 
 
 
276 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  47.45 
 
 
276 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
276 aa  235  6e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.35 
 
 
276 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
279 aa  232  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.72 
 
 
323 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
291 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.97 
 
 
279 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
279 aa  225  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  47.04 
 
 
323 aa  225  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.96 
 
 
279 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
280 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  45.63 
 
 
288 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
299 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
258 aa  207  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.21 
 
 
301 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  42.44 
 
 
276 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.18 
 
 
284 aa  202  8e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.14 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
300 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
301 aa  198  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
305 aa  198  9e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
276 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  40.7 
 
 
288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
280 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  40.34 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
303 aa  196  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.96 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  41.96 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
307 aa  195  9e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
284 aa  195  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
296 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.24 
 
 
479 aa  194  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
494 aa  194  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
282 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
287 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  40 
 
 
303 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  37.41 
 
 
301 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.62 
 
 
313 aa  193  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
294 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
295 aa  192  5e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
542 aa  192  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
308 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.02 
 
 
308 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.42 
 
 
325 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
312 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
495 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
485 aa  190  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
305 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
307 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
497 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
307 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
284 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
496 aa  188  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
300 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.12 
 
 
295 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
301 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
274 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
277 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
284 aa  186  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
300 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
278 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
304 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.81 
 
 
473 aa  186  6e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
304 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
291 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>