More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5656 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
332 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  71.38 
 
 
335 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  66.67 
 
 
327 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.75 
 
 
344 aa  383  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.73 
 
 
301 aa  348  6e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  61.32 
 
 
323 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  63.18 
 
 
323 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
280 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
297 aa  308  5.9999999999999995e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
281 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  55.09 
 
 
274 aa  296  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  52.9 
 
 
279 aa  296  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.65 
 
 
276 aa  297  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.92 
 
 
283 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.18 
 
 
281 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.74 
 
 
276 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.11 
 
 
279 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.76 
 
 
283 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  54.95 
 
 
276 aa  292  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.26 
 
 
291 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.75 
 
 
279 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
276 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
276 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.35 
 
 
279 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.18 
 
 
280 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
302 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.1 
 
 
279 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.68 
 
 
276 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
279 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
292 aa  270  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.08 
 
 
306 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
279 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  51.76 
 
 
288 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
301 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
302 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  47.62 
 
 
288 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.94 
 
 
277 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
274 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
307 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  47.43 
 
 
276 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
274 aa  228  9e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  52.48 
 
 
256 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.58 
 
 
276 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
300 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.24 
 
 
300 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
280 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.72 
 
 
300 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
285 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.85 
 
 
301 aa  215  9e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
280 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
298 aa  212  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
296 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
285 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.91 
 
 
284 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
280 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
258 aa  208  8e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
304 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
287 aa  208  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
284 aa  206  5e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.66 
 
 
479 aa  206  6e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
304 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
284 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
300 aa  205  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
299 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.77 
 
 
282 aa  203  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  40.73 
 
 
303 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
300 aa  203  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.64 
 
 
325 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
313 aa  203  4e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.76 
 
 
285 aa  202  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
294 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.57 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  40.57 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.57 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.57 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
494 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
278 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.97 
 
 
304 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.79 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.15 
 
 
473 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.42 
 
 
317 aa  199  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  40.57 
 
 
283 aa  199  5e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
283 aa  199  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
303 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 
283 aa  199  7e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
313 aa  199  7e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  40.57 
 
 
283 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.57 
 
 
283 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
485 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
496 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>