More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2970 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
281 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  70.18 
 
 
283 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.93 
 
 
276 aa  316  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
276 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.42 
 
 
276 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.97 
 
 
276 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
344 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
332 aa  300  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.48 
 
 
335 aa  299  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  56.88 
 
 
276 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
291 aa  295  7e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.77 
 
 
276 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  52.45 
 
 
279 aa  289  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  54.37 
 
 
327 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
280 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.28 
 
 
279 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.49 
 
 
297 aa  278  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.81 
 
 
279 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.48 
 
 
279 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
301 aa  275  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.55 
 
 
279 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
283 aa  271  6e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  55.36 
 
 
323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.71 
 
 
306 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.9 
 
 
279 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
281 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.48 
 
 
323 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
302 aa  262  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.4 
 
 
279 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
301 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
280 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
279 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 
302 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  45.63 
 
 
274 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
292 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  45.82 
 
 
288 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.2 
 
 
307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 
277 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  43.64 
 
 
288 aa  229  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  46.25 
 
 
276 aa  225  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.3 
 
 
276 aa  218  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
274 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
280 aa  211  9e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  42.96 
 
 
300 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
300 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.39 
 
 
284 aa  209  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.09 
 
 
301 aa  208  9e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.05 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  47.35 
 
 
256 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
296 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.7 
 
 
300 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
300 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
284 aa  204  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
305 aa  204  2e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.41 
 
 
301 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
312 aa  202  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
307 aa  202  7e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.44 
 
 
282 aa  201  9e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
293 aa  201  9e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
304 aa  201  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.88 
 
 
285 aa  198  6e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.6 
 
 
479 aa  198  7.999999999999999e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
285 aa  198  9e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
284 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
310 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
300 aa  195  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.63 
 
 
296 aa  195  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
300 aa  195  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
287 aa  194  9e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
299 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
305 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
319 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
285 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
302 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
494 aa  193  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
304 aa  192  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
273 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
276 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
307 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  37.31 
 
 
279 aa  192  7e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
258 aa  191  8e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
296 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
307 aa  191  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
278 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
284 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
300 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
300 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
310 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
301 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
313 aa  191  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.86 
 
 
308 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
496 aa  191  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.47 
 
 
473 aa  189  4e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>