More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1649 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
279 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  84.23 
 
 
279 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.26 
 
 
280 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.53 
 
 
280 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.1 
 
 
279 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.39 
 
 
281 aa  359  3e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.94 
 
 
283 aa  358  5e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
279 aa  352  5e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.59 
 
 
276 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 
279 aa  345  7e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.95 
 
 
279 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.44 
 
 
279 aa  333  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.41 
 
 
279 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  53.05 
 
 
335 aa  305  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
332 aa  299  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
344 aa  298  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.11 
 
 
297 aa  293  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.18 
 
 
281 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  55.89 
 
 
327 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.91 
 
 
291 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.01 
 
 
276 aa  275  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
302 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
283 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  58.55 
 
 
323 aa  271  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
301 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  49.43 
 
 
274 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
292 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  54.91 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.96 
 
 
306 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  52.06 
 
 
276 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.13 
 
 
276 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.21 
 
 
284 aa  242  5e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.13 
 
 
276 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.5 
 
 
276 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
307 aa  234  8e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  48.18 
 
 
288 aa  232  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
277 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
296 aa  228  9e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  48.57 
 
 
276 aa  225  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
302 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 
274 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.04 
 
 
280 aa  222  6e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
280 aa  221  9e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  47.01 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.11 
 
 
300 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
300 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
298 aa  218  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.45 
 
 
284 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 
276 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  43.11 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
274 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.66 
 
 
283 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  43.66 
 
 
283 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.66 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.97 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
296 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  43.51 
 
 
283 aa  211  7e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
280 aa  211  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.51 
 
 
283 aa  211  7e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 
283 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  43.51 
 
 
283 aa  211  9e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
283 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
302 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
285 aa  209  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
304 aa  208  7e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  45.42 
 
 
282 aa  207  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
285 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
304 aa  207  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.64 
 
 
301 aa  206  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
300 aa  205  5e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
303 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
284 aa  205  7e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
309 aa  205  7e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.13 
 
 
308 aa  205  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
308 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
295 aa  204  9e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
310 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
312 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  40.07 
 
 
304 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 
278 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
303 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.8 
 
 
284 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.03 
 
 
285 aa  201  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
299 aa  201  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
300 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
339 aa  201  9e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.7 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
285 aa  199  6e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
303 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.49 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.49 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.49 
 
 
299 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.49 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  40.64 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  42.7 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>