More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1150 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
276 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.38 
 
 
276 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  96.74 
 
 
276 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  89.13 
 
 
276 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  74.64 
 
 
276 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.42 
 
 
281 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.72 
 
 
283 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.96 
 
 
291 aa  311  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
344 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  54.24 
 
 
335 aa  299  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
332 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  55.51 
 
 
327 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.58 
 
 
297 aa  285  5.999999999999999e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
276 aa  280  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  54.04 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
279 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
283 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
301 aa  269  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.45 
 
 
279 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.09 
 
 
279 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
281 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  50.36 
 
 
279 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
280 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.74 
 
 
279 aa  262  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  53.68 
 
 
323 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.55 
 
 
279 aa  255  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.35 
 
 
306 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  49.08 
 
 
274 aa  254  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
292 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.66 
 
 
280 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  49.4 
 
 
288 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
279 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
302 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.48 
 
 
279 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
276 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  44.85 
 
 
276 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
277 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
274 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
307 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  44.69 
 
 
288 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
274 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
280 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
299 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
280 aa  198  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.12 
 
 
300 aa  198  9e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
300 aa  198  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
494 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  45.68 
 
 
256 aa  195  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.33 
 
 
284 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
285 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.32 
 
 
479 aa  195  8.000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
289 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
305 aa  194  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.91 
 
 
300 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.5 
 
 
301 aa  192  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
298 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
284 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
319 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
310 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
485 aa  189  4e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 
282 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
496 aa  188  8e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
495 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
279 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.194033 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
300 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
304 aa  187  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
284 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
299 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
299 aa  186  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.1 
 
 
299 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.1 
 
 
299 aa  186  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.1 
 
 
299 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.1 
 
 
299 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.1 
 
 
299 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
276 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
497 aa  186  5e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
300 aa  185  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
296 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
258 aa  185  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
301 aa  185  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.72 
 
 
473 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  41.2 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19890  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.39 
 
 
289 aa  182  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00186711  hitchhiker  0.000357505 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
300 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.67 
 
 
285 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.03 
 
 
296 aa  181  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
312 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
303 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
300 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
359 aa  181  2e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
307 aa  181  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
398 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.410592  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
359 aa  179  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>