More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1977 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  100 
 
 
256 aa  487  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  56.8 
 
 
288 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.17 
 
 
332 aa  254  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  52.26 
 
 
327 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.96 
 
 
297 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.41 
 
 
301 aa  241  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.81 
 
 
344 aa  237  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
281 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.99 
 
 
283 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.64 
 
 
335 aa  228  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  49.8 
 
 
274 aa  228  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  53.91 
 
 
323 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  53.91 
 
 
323 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.4 
 
 
279 aa  224  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49 
 
 
276 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.17 
 
 
283 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48 
 
 
279 aa  221  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  49.4 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
279 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.19 
 
 
279 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.35 
 
 
281 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
280 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  48.8 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
279 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
276 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.24 
 
 
306 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
276 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
276 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
302 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
279 aa  204  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
291 aa  202  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
302 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
300 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  44 
 
 
276 aa  200  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  48.55 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.38 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
274 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
277 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.98 
 
 
279 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.62 
 
 
276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
301 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
296 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
285 aa  188  9e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
280 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
285 aa  185  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 
278 aa  185  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.29 
 
 
317 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.08 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.37 
 
 
282 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
298 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
296 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.25 
 
 
296 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
294 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
280 aa  180  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
307 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.24 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  40.24 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.84 
 
 
303 aa  178  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
294 aa  178  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.84 
 
 
303 aa  178  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.84 
 
 
303 aa  178  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.84 
 
 
303 aa  178  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.84 
 
 
303 aa  178  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
312 aa  178  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.98 
 
 
303 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  38.98 
 
 
303 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
310 aa  177  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  38.98 
 
 
303 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  38.98 
 
 
303 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  38.98 
 
 
303 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  40.87 
 
 
299 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.38 
 
 
300 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
301 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
301 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
494 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.94 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.94 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.94 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.94 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
485 aa  176  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.58 
 
 
479 aa  176  3e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.94 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
296 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  40.16 
 
 
296 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
304 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
299 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
300 aa  176  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
307 aa  175  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
287 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>