More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4025 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
296 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  94.26 
 
 
296 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.49 
 
 
296 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  83.11 
 
 
296 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.81 
 
 
296 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
298 aa  325  5e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.09 
 
 
303 aa  315  7e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  56.57 
 
 
305 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.39 
 
 
324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
288 aa  298  9e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
287 aa  284  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.55 
 
 
299 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.71 
 
 
290 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.28 
 
 
314 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.08 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  52.19 
 
 
299 aa  271  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.19 
 
 
293 aa  268  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
290 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.63 
 
 
320 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
291 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  47.57 
 
 
301 aa  232  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.36 
 
 
293 aa  229  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  46.51 
 
 
301 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.51 
 
 
301 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
299 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
297 aa  222  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
313 aa  222  7e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.93 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
311 aa  218  7e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
300 aa  216  4e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.77 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.77 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.77 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.77 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.77 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  45.58 
 
 
300 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
279 aa  215  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.85 
 
 
308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.44 
 
 
296 aa  212  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
279 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
300 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
278 aa  210  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
276 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
279 aa  207  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
285 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
312 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
299 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.53 
 
 
325 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
300 aa  205  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
304 aa  205  8e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
280 aa  205  8e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  46.78 
 
 
479 aa  204  1e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  44.23 
 
 
303 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
300 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
308 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
308 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
298 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
299 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
308 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.85 
 
 
303 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
304 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
300 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
277 aa  202  5e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
302 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.54 
 
 
304 aa  202  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  36.54 
 
 
279 aa  202  6e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
284 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
296 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
485 aa  202  8e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
302 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
285 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
494 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
282 aa  199  5e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.87 
 
 
284 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
301 aa  198  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
301 aa  198  9e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.13 
 
 
473 aa  198  9e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
274 aa  198  9e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
495 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.77 
 
 
303 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
303 aa  197  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.77 
 
 
303 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
303 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.77 
 
 
303 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>