More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5089 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
293 aa  576  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.82 
 
 
289 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.71 
 
 
289 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.75 
 
 
291 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
279 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.88 
 
 
279 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.57 
 
 
279 aa  300  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.3 
 
 
279 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.71 
 
 
299 aa  267  1e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  48.71 
 
 
299 aa  267  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  48.71 
 
 
299 aa  267  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.71 
 
 
299 aa  267  1e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  48.71 
 
 
299 aa  267  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.66 
 
 
301 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  51.66 
 
 
301 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
287 aa  265  8e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
296 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
299 aa  255  7e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  50.2 
 
 
296 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
298 aa  250  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
299 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  46.18 
 
 
296 aa  249  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.74 
 
 
301 aa  246  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.89 
 
 
290 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
296 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
296 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
283 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
294 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
324 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
290 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
296 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
312 aa  238  6.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.45 
 
 
321 aa  238  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.36 
 
 
296 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  42.96 
 
 
279 aa  235  8e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  44.03 
 
 
867 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  46.35 
 
 
276 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.12 
 
 
284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
303 aa  232  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
304 aa  231  8.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
313 aa  231  1e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
359 aa  230  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  40.7 
 
 
308 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
284 aa  228  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
289 aa  228  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
300 aa  228  9e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.17 
 
 
282 aa  227  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.82 
 
 
320 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  46.64 
 
 
299 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
299 aa  226  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.96 
 
 
293 aa  226  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.66 
 
 
288 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
272 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
293 aa  227  2e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
298 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
285 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.2 
 
 
300 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
299 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
300 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.33 
 
 
300 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
296 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
285 aa  225  7e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
287 aa  225  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
280 aa  224  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.97 
 
 
288 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
308 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
308 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.06 
 
 
308 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
280 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
293 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
300 aa  222  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
285 aa  221  8e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.44 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
307 aa  219  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.81 
 
 
277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.48 
 
 
282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
309 aa  219  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
299 aa  219  5e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
301 aa  218  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
303 aa  218  7e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
305 aa  218  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
285 aa  218  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
302 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.52 
 
 
298 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.72 
 
 
298 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
301 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
310 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.72 
 
 
298 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.72 
 
 
298 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
301 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.72 
 
 
298 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>