More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5090 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  100 
 
 
299 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.23 
 
 
299 aa  457  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.69 
 
 
293 aa  411  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
324 aa  330  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  58.21 
 
 
305 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.51 
 
 
303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.92 
 
 
296 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.19 
 
 
296 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
288 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  50 
 
 
296 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.26 
 
 
296 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.18 
 
 
296 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.52 
 
 
298 aa  280  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.74 
 
 
290 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.25 
 
 
314 aa  255  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
272 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
287 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.59 
 
 
320 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
279 aa  240  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
290 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  49.24 
 
 
301 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
301 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.17 
 
 
293 aa  235  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
291 aa  234  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  49.39 
 
 
296 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
299 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.3 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.3 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.3 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.3 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.3 
 
 
299 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
289 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
289 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
294 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
279 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.54 
 
 
279 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  47.62 
 
 
282 aa  219  6e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.8 
 
 
284 aa  217  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
296 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
279 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
280 aa  215  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
298 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.87 
 
 
285 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
313 aa  211  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
299 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
301 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
285 aa  209  3e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
274 aa  209  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
309 aa  209  5e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
297 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
297 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
297 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
308 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.07 
 
 
297 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
297 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
297 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  41.97 
 
 
299 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
303 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
301 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.7 
 
 
302 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  42.7 
 
 
302 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  42.7 
 
 
302 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
277 aa  206  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  40.6 
 
 
303 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.53 
 
 
302 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.53 
 
 
302 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  40.6 
 
 
303 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  40.6 
 
 
303 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  40.6 
 
 
303 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.53 
 
 
302 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
301 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  40.6 
 
 
303 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.53 
 
 
302 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.04 
 
 
321 aa  205  8e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
299 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
297 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
303 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.56 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
297 aa  203  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.56 
 
 
303 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.56 
 
 
303 aa  202  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.56 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
306 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
283 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.19 
 
 
303 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
303 aa  202  7e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.34 
 
 
300 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  39.19 
 
 
303 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
299 aa  201  8e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.61 
 
 
288 aa  201  9e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
289 aa  201  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>