More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1216 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.4 
 
 
279 aa  506  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.06 
 
 
279 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.99 
 
 
279 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.61 
 
 
289 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
289 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.41 
 
 
291 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  57.3 
 
 
293 aa  294  9e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  50.62 
 
 
296 aa  257  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
287 aa  245  4.9999999999999997e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  49.08 
 
 
301 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
301 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.44 
 
 
299 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.44 
 
 
299 aa  236  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.44 
 
 
299 aa  236  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.44 
 
 
299 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.44 
 
 
299 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
299 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.66 
 
 
324 aa  232  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  47.99 
 
 
321 aa  232  6e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  45.42 
 
 
867 aa  231  8.000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
299 aa  229  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
304 aa  228  6e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
313 aa  227  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  44.4 
 
 
296 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.33 
 
 
320 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
296 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
312 aa  225  6e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
296 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.73 
 
 
301 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
296 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.7 
 
 
359 aa  222  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
298 aa  219  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.91 
 
 
284 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
290 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
285 aa  216  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.06 
 
 
309 aa  214  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 
293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.35 
 
 
286 aa  213  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  47.95 
 
 
282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  44.72 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
293 aa  211  7e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.28 
 
 
296 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
294 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
288 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
284 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
299 aa  211  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  47.97 
 
 
299 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
308 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  42.42 
 
 
304 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.35 
 
 
277 aa  211  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.28 
 
 
288 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
296 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.03 
 
 
288 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.48 
 
 
272 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.32 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
300 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.46 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
272 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
296 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
280 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.14 
 
 
272 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
301 aa  209  5e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.91 
 
 
301 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.18 
 
 
308 aa  208  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
301 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
280 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
300 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
311 aa  206  3e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
307 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
301 aa  206  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  43.21 
 
 
300 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.03 
 
 
314 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 
284 aa  206  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
285 aa  206  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
290 aa  206  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
294 aa  205  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  43.68 
 
 
303 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8311  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.91 
 
 
285 aa  205  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
301 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
294 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
307 aa  205  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40 
 
 
279 aa  204  9e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.64 
 
 
285 aa  204  9e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
303 aa  204  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
300 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
300 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.86 
 
 
282 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
303 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>