More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3802 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
287 aa  554  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.12 
 
 
296 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.5 
 
 
296 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.85 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  61.74 
 
 
296 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
296 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.85 
 
 
298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.93 
 
 
303 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  53.61 
 
 
305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.96 
 
 
272 aa  265  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.37 
 
 
288 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.86 
 
 
314 aa  257  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
290 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
299 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.71 
 
 
290 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.69 
 
 
320 aa  244  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  52.09 
 
 
299 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.71 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
291 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.33 
 
 
293 aa  231  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
289 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
279 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
289 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  45.49 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
279 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.86 
 
 
296 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
299 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
299 aa  209  6e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.85 
 
 
279 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
279 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.36 
 
 
301 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.23 
 
 
299 aa  202  5e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.23 
 
 
299 aa  202  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.23 
 
 
299 aa  202  5e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.23 
 
 
299 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.23 
 
 
299 aa  202  6e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.46 
 
 
288 aa  202  6e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.11 
 
 
298 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
296 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.78 
 
 
285 aa  198  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
297 aa  198  7.999999999999999e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.09 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.85 
 
 
290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
304 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.67 
 
 
303 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
291 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
312 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.71 
 
 
321 aa  193  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
299 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.02 
 
 
300 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
284 aa  192  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  36.7 
 
 
279 aa  192  6e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
299 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.67 
 
 
303 aa  192  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.58 
 
 
308 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 
313 aa  192  8e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
294 aa  191  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 
282 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
285 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 
301 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
300 aa  190  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
285 aa  190  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
280 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
300 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
298 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
284 aa  189  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
277 aa  189  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.32 
 
 
300 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
300 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.5 
 
 
359 aa  189  5.999999999999999e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
304 aa  188  7e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
280 aa  188  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
303 aa  188  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.59 
 
 
284 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.49 
 
 
282 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.29 
 
 
294 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
274 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
310 aa  186  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  40.55 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.43 
 
 
300 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
302 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
289 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.55 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  40.55 
 
 
302 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 
302 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 
302 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 
302 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 
302 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.62 
 
 
297 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
308 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>