More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5291 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
282 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.51 
 
 
287 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
300 aa  241  7.999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.85 
 
 
310 aa  239  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
299 aa  236  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.8 
 
 
301 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
298 aa  235  6e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.51 
 
 
285 aa  232  6e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 
308 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
309 aa  230  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  43.87 
 
 
279 aa  229  3e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.17 
 
 
308 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
313 aa  228  6e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
309 aa  228  7e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.91 
 
 
321 aa  227  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.48 
 
 
295 aa  226  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 
295 aa  226  3e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  44.4 
 
 
867 aa  225  6e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
296 aa  225  7e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
300 aa  225  7e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
286 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
297 aa  224  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  45.86 
 
 
300 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
307 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  49.43 
 
 
303 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  49.43 
 
 
303 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  41.89 
 
 
304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
286 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  43.07 
 
 
288 aa  222  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
286 aa  221  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 
304 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.11 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  45.25 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.25 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  45.25 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.25 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
280 aa  219  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  45.38 
 
 
276 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
308 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
308 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.25 
 
 
298 aa  219  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.87 
 
 
298 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.92 
 
 
303 aa  218  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.92 
 
 
300 aa  219  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.01 
 
 
294 aa  218  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
299 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.49 
 
 
298 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.36 
 
 
288 aa  217  1e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
299 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  44.13 
 
 
282 aa  218  1e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.86 
 
 
325 aa  216  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.09 
 
 
359 aa  216  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
280 aa  217  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.92 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.92 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.92 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.92 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.92 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.27 
 
 
294 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  46.06 
 
 
303 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
294 aa  214  9e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.11 
 
 
293 aa  214  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
311 aa  214  9e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44.96 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.7 
 
 
282 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.75 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.52 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.53 
 
 
303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.53 
 
 
297 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
310 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
304 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
309 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.805329  normal  0.0512458 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
311 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
303 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  210  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
293 aa  210  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
289 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
297 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>