More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1497 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
320 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.45 
 
 
314 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.1 
 
 
290 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.32 
 
 
298 aa  255  8e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
296 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.51 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
303 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
296 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.44 
 
 
296 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 
299 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  47.31 
 
 
296 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.8 
 
 
288 aa  242  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  48.96 
 
 
305 aa  242  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
296 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
279 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.71 
 
 
293 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.16 
 
 
272 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.39 
 
 
287 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  46.59 
 
 
299 aa  218  8.999999999999998e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
289 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 
301 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
301 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
279 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
289 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.37 
 
 
279 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
279 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.07 
 
 
293 aa  202  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.28 
 
 
317 aa  196  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
291 aa  195  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
296 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  46.54 
 
 
296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.48 
 
 
299 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.48 
 
 
299 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.48 
 
 
299 aa  189  4e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.48 
 
 
299 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.48 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
299 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
300 aa  187  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.955086  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.96 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.72 
 
 
308 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
300 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
297 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
297 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
309 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
301 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
313 aa  179  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
298 aa  179  4e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
297 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
304 aa  179  4.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
301 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
311 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
297 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
299 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
303 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
297 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.45 
 
 
303 aa  179  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.45 
 
 
303 aa  179  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.45 
 
 
303 aa  179  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
294 aa  178  9e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.12 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  35.12 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.45 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
323 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
300 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
299 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
310 aa  176  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
301 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.12 
 
 
303 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
303 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
283 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.52 
 
 
297 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
359 aa  176  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
294 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.64 
 
 
288 aa  175  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
296 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  36.43 
 
 
302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.27 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.84 
 
 
301 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  37.11 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>