More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2004 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60 
 
 
296 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
296 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
296 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  57.29 
 
 
296 aa  322  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.44 
 
 
296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.67 
 
 
288 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.98 
 
 
324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.33 
 
 
303 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
287 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.81 
 
 
314 aa  279  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  56.1 
 
 
305 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.76 
 
 
290 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.01 
 
 
272 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.73 
 
 
293 aa  263  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  56.73 
 
 
299 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.1 
 
 
299 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.32 
 
 
320 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
290 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  48.28 
 
 
301 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.28 
 
 
301 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
299 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  46.47 
 
 
296 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.1 
 
 
301 aa  206  5e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.91 
 
 
293 aa  205  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
299 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
289 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 
279 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
289 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
291 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.13 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
274 aa  199  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
297 aa  199  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
311 aa  195  6e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
279 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
279 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
299 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
313 aa  192  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
277 aa  192  5e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
300 aa  192  6e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
280 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
294 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
298 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.17 
 
 
283 aa  188  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
309 aa  188  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
300 aa  188  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
275 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
289 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
294 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
323 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.3 
 
 
282 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.84 
 
 
284 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
299 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.01 
 
 
293 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
298 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  39.12 
 
 
299 aa  185  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.33 
 
 
282 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
299 aa  185  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.86 
 
 
294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
292 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.22 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.22 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
299 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.22 
 
 
298 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
303 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
304 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
285 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.43 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
309 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  36.43 
 
 
279 aa  182  7e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
302 aa  182  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
301 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.79 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
303 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
310 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  40.36 
 
 
300 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
310 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.46 
 
 
303 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.46 
 
 
303 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>