More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0932 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  545  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  93.19 
 
 
279 aa  475  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.06 
 
 
279 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.06 
 
 
279 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.62 
 
 
289 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  59 
 
 
293 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.04 
 
 
289 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.64 
 
 
291 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  51.87 
 
 
296 aa  254  9e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
287 aa  250  1e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
301 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  49.45 
 
 
301 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  46.72 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
298 aa  231  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
313 aa  226  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
299 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.81 
 
 
301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
299 aa  225  6e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
285 aa  225  8e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.1 
 
 
283 aa  224  9e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
296 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.4 
 
 
296 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
296 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.35 
 
 
288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
296 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.72 
 
 
272 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.25 
 
 
290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398193  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
359 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.65 
 
 
284 aa  219  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.22 
 
 
299 aa  219  5e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.75 
 
 
288 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.22 
 
 
299 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.22 
 
 
299 aa  219  6e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.22 
 
 
299 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.22 
 
 
299 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  44.03 
 
 
867 aa  218  7.999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
299 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
304 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
280 aa  215  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.49 
 
 
321 aa  215  5e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.98 
 
 
282 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
295 aa  215  8e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.89 
 
 
285 aa  215  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
312 aa  214  9e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
293 aa  214  9e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1497  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.7 
 
 
320 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.726919  normal  0.257392 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
293 aa  212  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
272 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
298 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.870521 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.37 
 
 
279 aa  210  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
297 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
301 aa  209  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
285 aa  209  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
294 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.34 
 
 
300 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.77 
 
 
282 aa  208  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5120  putative ABC transporter permease protein  45.61 
 
 
305 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.30642 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  40.38 
 
 
304 aa  208  9e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
309 aa  207  1e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.44 
 
 
284 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.48 
 
 
288 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.700079  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
286 aa  206  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.61 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  40 
 
 
308 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
303 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.57 
 
 
317 aa  206  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
311 aa  205  5e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  40.93 
 
 
302 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
301 aa  205  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
302 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  40.93 
 
 
302 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
300 aa  204  9e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
302 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.88 
 
 
314 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
302 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
302 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
302 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
301 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
301 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
278 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
300 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5090  ABC transporter permease  45.9 
 
 
299 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.661687  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.98 
 
 
280 aa  202  5e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
277 aa  202  6e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
285 aa  201  7e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
299 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.21 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>