More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4577 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  100 
 
 
308 aa  607  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.38 
 
 
309 aa  425  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.06 
 
 
299 aa  236  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.06 
 
 
299 aa  236  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.06 
 
 
299 aa  236  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.06 
 
 
299 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.06 
 
 
299 aa  236  4e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.48 
 
 
288 aa  229  5e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
287 aa  227  1e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
310 aa  225  7e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  224  2e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
291 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  39.38 
 
 
279 aa  221  8e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
289 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
289 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.11 
 
 
293 aa  217  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.06 
 
 
285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
299 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
274 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  42.31 
 
 
867 aa  215  7e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.93 
 
 
284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.84 
 
 
293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  40.53 
 
 
302 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
294 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
304 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
312 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.59 
 
 
321 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.9 
 
 
283 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
294 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
310 aa  208  7e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
280 aa  208  9e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
299 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
359 aa  207  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
270 aa  207  2e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.3 
 
 
295 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
309 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
300 aa  207  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
287 aa  206  3e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
280 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
284 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
304 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.27 
 
 
282 aa  205  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  41.33 
 
 
284 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
299 aa  205  7e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
287 aa  205  8e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
279 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  39.68 
 
 
282 aa  204  1e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
272 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
285 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
300 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
272 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
277 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.1 
 
 
303 aa  202  5e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.35 
 
 
292 aa  202  6e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
298 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
311 aa  202  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40.07 
 
 
283 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
285 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  36.54 
 
 
301 aa  201  9e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
275 aa  201  9e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
310 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
284 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  39.61 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.41 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.1 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.1 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.1 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.73 
 
 
303 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
287 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
303 aa  200  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.57 
 
 
290 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  37.73 
 
 
303 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  39.92 
 
 
303 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  39.92 
 
 
303 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  39.92 
 
 
303 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
309 aa  199  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  39.92 
 
 
303 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  39.92 
 
 
303 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
299 aa  199  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
290 aa  199  6e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.3 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  36.3 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.59 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  36.3 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.43 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>