More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2574 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  100 
 
 
302 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  96.36 
 
 
302 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.34 
 
 
305 aa  408  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.6 
 
 
299 aa  394  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.89 
 
 
317 aa  367  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.85 
 
 
310 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.26 
 
 
308 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.14 
 
 
311 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.47 
 
 
309 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59 
 
 
298 aa  321  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.01 
 
 
302 aa  299  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
322 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
312 aa  228  8e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
287 aa  226  4e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41 
 
 
301 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
310 aa  222  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
284 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.49 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.56 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  42.07 
 
 
303 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.7 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
300 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
308 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
296 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.44 
 
 
299 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.44 
 
 
299 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.44 
 
 
299 aa  209  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.44 
 
 
299 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.44 
 
 
299 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  41.18 
 
 
303 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
284 aa  208  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
302 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
299 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  40.67 
 
 
308 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.28 
 
 
303 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.72 
 
 
308 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
299 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.28 
 
 
303 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.64 
 
 
293 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
300 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.56 
 
 
296 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.62 
 
 
302 aa  202  6e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
284 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
300 aa  201  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.160899  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
273 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
300 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.46 
 
 
304 aa  199  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
311 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
293 aa  198  7.999999999999999e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
298 aa  198  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.03 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
291 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  37.5 
 
 
279 aa  195  6e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
280 aa  195  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  41.82 
 
 
284 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
309 aa  195  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.49 
 
 
290 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.24 
 
 
325 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
301 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
301 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
293 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.93 
 
 
284 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  40.22 
 
 
298 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
297 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
289 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
296 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
308 aa  192  5e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
304 aa  192  7e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
303 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
305 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
292 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.63 
 
 
302 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.87 
 
 
305 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.93 
 
 
288 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
310 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
334 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.63 
 
 
306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
299 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
313 aa  189  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>